Collaboration Canada-Allemagne en recherche sur les maladies infectieuses - Rapport de la réunion de stade II

Braunschweig, Allemagne
22-23 mars 2007

Table des matières

Sommaire
Contexte
Objectifs de la réunion
Survol de la réunion

• Accueil et mot d'ouverture
• Survol de l'Initiative canadienne de recherche stratégique sur la capacité d'intervention en cas de pandémie et du réseau allemand de recherche sur la grippe
• Élaboration des activités de projets relatives aux thèmes prioritaires stratégiques
• Propriété intellectuelle
• Mécanismes d'appui aux projets de recherche et à la Collaboration

Résumés des programmes de recherche relatifs aux thèmes prioritaires stratégiques

• Déterminants génétiques et environnementaux de la réponse immunitaire au vaccin inactivé contre la grippe
• Stratégies de vaccination par voie muqueuse contre la grippe chez les populations présentant un risque élevé
• Tests de mutagenèse à grande échelle pour identifier les déterminants génétiques de la prédisposition de l'hôte à la grippe
• Approches axées sur des systèmes à l'égard des nouveaux agents antimicrobiens
• Génomique fonctionnelle et multirésistance aux médicaments de Pseudomonas aeruginosa

Prochaines étapes
Résumé

Annexe 1 : Membres du comité organisateur
Annexe 2 : Liste des participants à la réunion
Annexe 3 : Ordre du jour de la réunion
Annexe 4 : Projets de recherche détaillés sur les thèmes prioritaires stratégiques
Annexe 5 : Rétroaction des participants concernant la réunion

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Sommaire

Le but du présent document est de résumer le compte rendu de la réunion sur la Collaboration Canada-Allemagne en recherche sur les maladies infectieuses, qui s'est tenue à Braunschweig, en Allemagne, les 22 et 23 mars 2007. La Collaboration regroupe des chercheurs et des spécialistes canadiens et allemands dans le domaine des maladies infectieuses qui sont déterminés à tirer parti de l'expertise et des ressources des deux pays afin de mettre en place des programmes de recherche concertée novateurs qui pourraient influer de façon importante sur la santé humaine et animale.

La Collaboration a été établie lors d'une réunion qui a eu lieu à Montréal, au Canada, en novembre 2006 et à laquelle prenaient part des chercheurs et des spécialistes en matière de maladies infectieuses des deux pays. Lors de cette réunion, les infections respiratoires, particulièrement la grippe, se sont imposées comme un secteur général de collaboration, puisque les scientifiques et la population s'inquiètent de la possibilité d'une pandémie de grippe, qui entraînerait de graves répercussions à l'échelle mondiale. Cinq thèmes prioritaires stratégiques relatifs à ce secteur ont été définis :

1. déterminants génétiques de la réponse à la vaccination/l'immunisation;
2. nouvelles stratégies de vaccination contre les pathogènes respiratoires;
3. génétique de la prédisposition aux infections respiratoires;
4. virulence microbienne et résistance aux antibiotiques;
5. microévolution des bactéries dans les poumons des personnes atteintes de fibrose kystique.

Le principal objectif de la réunion de Braunschweig était d'élaborer des propositions de recherche détaillées relatives aux cinq thèmes prioritaires stratégiques et de faire avancer les projets au point où les chercheurs pourraient entamer la phase de recherche du programme. Les autres objectifs consistaient à discuter des possibilités de financement et d'autres mécanismes visant à soutenir et à favoriser la Collaboration.

Les participants ont discuté et sont arrivés à un accord concernant les projets de recherche détaillés relatifs aux thèmes prioritaires stratégiques, notamment l'élaboration d'objectifs précis en matière de recherche, une description de projet et un plan d'action détaillé. Les mécanismes visant à protéger la propriété intellectuelle découlant de la recherche concertée ont également été examinés, et il a été convenu d'élaborer une entente sur la propriété intellectuelle aux fins de la Collaboration. De plus, les participants ont convenu que la Collaboration serait renforcée par la mise en place d'un réseau plus structuré.

Les projets examinés et élaborés durant la réunion de Braunschweig sont novateurs, ambitieux et de nature à favoriser une véritable collaboration. Le travail planifié requiert le partage de l'expertise, des ressources et des efforts de la part des chercheurs des deux pays. Une telle collaboration créera une synergie et ajoutera de la valeur aux résultats des projets. Les résultats des recherches menées ainsi que les produits mis au point dans le cadre de la Collaboration devraient avoir une incidence majeure sur la prévention et le traitement des maladies respiratoires chroniques et aiguës, y compris la pandémie de grippe, laquelle, selon les prévisions actuelles, entraînera des effets économiques et sociaux majeurs et causera de nombreux décès à l'échelle mondiale.

Les organisateurs de la réunion et les participants ont été très satisfaits de l'esprit de collégialité, de l'enthousiasme et de la camaraderie qui régnaient parmi les participants, ainsi que des progrès qui ont été réalisés.

Contexte

La Collaboration Canada-Allemagne en recherche sur les maladies infectieuses a été établie lors d'une réunion à laquelle ont participé des chercheurs et des spécialistes canadiens et allemands dans le domaine des maladies infectieuses, réunion qui a eu lieu à Montréal, en novembre 2006, dans le cadre de l'accord de coopération scientifique et technologique conclu entre le Canada et l'Allemagne. La réunion a été organisée et/ou parrainée par les Instituts de recherche en santé du Canada (IRSC), le Centre Helmholtz pour la recherche sur les maladies infectieuses et le ministère fédéral de l'Éducation et de la Recherche (BMBF).

Les participants à la réunion de Montréal ont échangé de l'information concernant la recherche sur les maladies infectieuses menée au Canada et en Allemagne. Ils ont défini des priorités relatives à cinq thèmes stratégiques pour lesquels les deux pays disposent d'une masse critique de spécialistes, d'établissements et de ressources et pour lesquels il est évident que des progrès scientifiques considérables peuvent être réalisés grâce à un certain nombre de projets concertés réalistes qui pourraient influer de façon importante sur la santé humaine et animale. Au fil des discussions, les maladies infectieuses respiratoires, particulièrement la grippe, se sont imposées comme un secteur général stratégique de collaboration. Cela s'explique par le fait que les deux pays possèdent les forces et les capacités de recherche nécessaires à l'étude des maladies respiratoires à plusieurs niveaux, ainsi que par la possibilité d'une pandémie de grippe qui inquiète les milieux scientifiques et la population des deux pays.

Afin de maintenir le vif intérêt et la détermination de réussir qui étaient palpables durant la réunion de Montréal et d'élaborer des propositions de recherche sur les thèmes prioritaires, une deuxième réunion de la Collaboration Canada-Allemagne en recherche sur les maladies infectieuses s'est tenue à Braunschweig, en Allemagne, les 22 et 23 mars 2007. Au nombre des participants figuraient des chercheurs et des spécialistes canadiens et allemands dans le domaine des maladies infectieuses qui travaillent dans les secteurs prioritaires définis durant la première réunion; bon nombre d'entre eux avaient assisté à la réunion de Montréal. Cette deuxième réunion (stade II) a été parrainée par le Centre Helmholtz pour la recherche sur les maladies infectieuses, les IRSC et le ministère des Affaires étrangères et du Commerce international (MAECI). Consulter l'annexe 1 pour obtenir la liste des membres du comité organisateur et l'annexe 2 pour connaître le nom des participants à la réunion.

Objectifs de la réunion

La réunion de stade II avait pour but de renforcer les partenariats établis à Montréal, d'élaborer des propositions et de faire avancer les projets au point où les chercheurs pourraient entamer la phase de recherche du programme. Les principaux objectifs étaient les suivants :

1. définir et élaborer des activités de projets relatives aux cinq thèmes prioritaires de recherche définis :
   1. déterminants génétiques de la réponse à la vaccination/l'immunisation,
   2. génétique de la prédisposition aux infections respiratoires,
   3. nouvelles stratégies de vaccination contre les pathogènes respiratoires,
   4. virulence microbienne et résistance aux antibiotiques,
   5. microévolution des bactéries dans les poumons des personnes atteintes de fibrose kystique;
      
      
2. discuter des possibilités de financement;
   
   
3. discuter des stratégies globales.

Survol de la réunion

Accueil et mot d'ouverture

Le Dr Bhagirath Singh, directeur de l'Institut des maladies infectieuses et immunitaires des Instituts de recherche en santé du Canada (IMII-IRSC), a accueilli les participants à la réunion, a fait l'historique de la Collaboration Canada-Allemagne en recherche sur les maladies infectieuses et a exposé les objectifs de la réunion. Le Dr Emil Skamene, coprésident du comité organisateur, a souligné aux participants que la réunion leur offrait la possibilité d'établir des partenariats internationaux importants, dont l'élaboration d'un réseau de recherche clinique, des programmes de formation et des liens avec l'industrie. Le Dr Rudi Balling, directeur du Centre Helmholtz pour la recherche sur les maladies infectieuses, a mentionné que les propositions binationales élaborées durant la réunion permettront d'accroître la compétitivité en assurant du financement à l'échelle nationale et internationale. Il a aussi indiqué souhaiter que les discussions manifestement ouvertes à l'occasion de la réunion de Montréal puissent progresser et se poursuivre dans le cadre de la réunion de Braunschweig.

Survol de l'Initiative canadienne de recherche stratégique sur la capacité d'intervention en cas de pandémie et du réseau allemand de recherche sur la grippe

Toujours dans l'optique du thème de la réunion, le Dr Singh a brièvement décrit l'Initiative de recherche stratégique sur la capacité d'intervention en cas de pandémie (IRSCIP), laquelle est dirigée par l'IMII-IRSC, et les possibilités connexes de financement pour la recherche offertes dans le cadre de cette initiative. Des subventions ont été accordées et d'autres appels de demandes ont été lancés ou sont prévus dans les quatre thèmes de recherche définis :

• les vaccins et les programmes d'immunisation;
• la biologie du virus de la grippe;
• la prévention et le traitement;
• la recherche sur les aspects éthique, juridique et social.

Le Dr Stephan Ludwig, de l'Université de Münster, a par la suite résumé les activités du réseau allemand de recherche sur la grippe et les possibilités en matière de recherche. Le réseau est composé de chercheurs de plusieurs universités spécialisés en médecine vétérinaire, en pathogenèse moléculaire de la grippe et en maladies infectieuses cliniques. Ce réseau a établi des liens avec les États-Unis, le Canada et la Suisse. L'objectif global du réseau est de déterminer les signatures moléculaires de la pathogénicité et de la transmission entre espèces du virus grippal A. Les questions qui sont étudiées sont les suivantes :

• Quand et pourquoi certaines souches virales franchissent-elles la barrière des espèces?
• Pourquoi certaines souches virales sont-elles très pathogènes?
• Quels sont les facteurs viraux et cellulaires qui déterminent la pathogénicité?

Élaboration des activités de projets relatives aux thèmes prioritaires stratégiques

Les participants se sont réunis en petits groupes pour élaborer des demandes de subventions conjointes détaillées relatives aux cinq thèmes prioritaires stratégiques :

1. déterminants génétiques de la réponse à la vaccination/l'immunisation;
2. nouvelles stratégies de vaccination contre les pathogènes respiratoires;
3. génétique de la prédisposition aux infections respiratoires;
4. virulence microbienne et résistance aux antibiotiques;
5. microévolution des bactéries dans les poumons des personnes atteintes de fibrose kystique du pancréas.

Chaque groupe a discuté et est arrivé à un accord concernant les projets de recherche détaillés relatifs à son thème prioritaire stratégique, notamment l'élaboration d'objectifs précis en matière de recherche, une description du projet et un plan d'action détaillé comportant une description des activités de recherche, des calendriers, une liste des rôles précis que devront assumer les chercheurs de chaque pays ainsi que les secteurs d'interaction avec d'autres groupes au sein et à l'extérieur de la Collaboration. Les équipes ont présenté leurs résultats en séance plénière, et des discussions ont servi à améliorer les projets. Le présent document renferme des résumés de projets, qui sont présentés après le sommaire. Des descriptions détaillées de chaque proposition de recherche figurent à l'annexe 4.

Propriété intellectuelle

Vers la fin de la première journée, le Dr Christian Stein, d'Ascenion GmbH, spécialiste de la protection de la propriété intellectuelle et de la gestion des sciences de la vie, a présenté un exposé. Il a expliqué pourquoi il était nécessaire d'établir un accord de collaboration qui encadrerait la collaboration à tous les niveaux, notamment en ce qui a trait à la protection de la propriété intellectuelle et des résultats/matériel, l'établissement du titre de propriété intellectuelle, la garantie de la liberté d'action pour permettre le développement commercial des résultats et la détermination de la responsabilité aux fins d'exploitation commerciale.

L'exposé du Dr Stein a été suivi d'une discussion sur l'approche la plus efficace pour gérer la propriété intellectuelle qui est censée découler des activités menées par les membres de la Collaboration. Les participants ont mentionné qu'il pouvait être difficile de conclure des ententes sur la propriété intellectuelle lorsque des établissements et plusieurs pays sont concernés. Les participants canadiens ont précisé que les Centres d'excellence du Canada avaient élaboré des stratégies pour faire face à de telles difficultés et offraient des exemples utiles en matière d'ententes sur la propriété intellectuelle. Les participants ont convenu que les ententes sur la propriété intellectuelle devaient être conclues avant le début des recherches. Le groupe a demandé au Dr Stein d'être le représentant allemand en matière de propriété intellectuelle et a convenu de choisir un expert canadien qui travaillerait avec le Dr Stein à élaborer une entente.

Mécanismes d'appui aux projets de recherche et à la Collaboration

Le deuxième jour de la réunion, les participants ont discuté et répertorié les possibilités de subventions et les autres mécanismes permettant d'obtenir du financement pour les projets de recherche qu'ils avaient élaborés. Plusieurs organisations ont été nommées, et des participants se sont portés volontaires pour entreprendre des démarches auprès de ces organisations.

Le Dr Balling s'est dit d'avis qu'il serait souhaitable d'établir un réseau pour structurer, favoriser et stimuler la Collaboration. Il a d'abord proposé l'idée d'un réseau, qu'il a nommé Fire and Ice (*/Fi/*ghting /*re*/spiratory infections-/*I*/nternational */C/*enter of /*E*/xcellence [Lutte contre les infections respiratoires - Centre d'excellence international]), durant la réunion de Montréal. Un réseau aurait l'avantage de fournir un moyen de discussion et de rencontre pour tous les chercheurs au sein de la Collaboration, bon nombre des projets proposés offrant des possibilités d'interaction entre chercheurs de différents thèmes prioritaires. Le réseau fournirait également la structure et un moyen pour mettre en place des programmes de formation plus vastes. Les participants à la réunion d'Allemagne étaient enthousiastes à l'idée d'établir un réseau et ont recommandé que les travaux pour ce faire commencent dès que possible. Les mécanismes possibles de financement et de mise en place du réseau ont été examinés.

Résumés des programmes de recherche relatifs aux thèmes prioritaires stratégiques

Déterminants génétiques et environnementaux de la réponse immunitaire au vaccin inactivé contre la grippe
Coordonnateurs : Mark Loeb et Stefan Meuer

La vaccination contre la grippe est considérée comme la pierre angulaire de la prévention. C'est un fait reconnu que la vaccination durant une pandémie, lorsque l'ensemble de la population ne possède aucune immunité préexistante contre le virus, constitue le moyen de protection le plus efficace. Toutefois, il existe peu de données sur les déterminants génétiques de la réponse immunitaire protectrice après la vaccination par un vaccin inactivé contre la grippe. De plus, des réponses réduites à la vaccination chez les personnes âgées ont fait l'objet de nombreuses publications, mais les causes génétiques et environnementales d'une telle observation sont inconnues.

Ce programme de recherche a pour objectif principal de découvrir les facteurs génétiques et environnementaux qui déterminent la façon dont le système immunitaire humain répond au vaccin contre la grippe ainsi que la façon dont le vieillissement influe sur ces facteurs. Trois groupes de participants (enfants, adultes et adultes de plus de 65 ans) du Canada et d'Allemagne recevront un vaccin inactivé contre la grippe. Les anticorps sanguins qui interagissent avec les composants du virus de la grippe seront mesurés avant et après la vaccination afin de déterminer l'efficacité du vaccin chez chaque sujet. L'expression des gènes participant à la réponse immunitaire sera mesurée après la vaccination par profilage de l'expression des gènes des cellules immunitaires afin de déterminer s'il existe une corrélation entre l'expression de gènes particuliers et la formation d'anticorps protecteurs contre le virus de la grippe. Les génotypes des sujets seront également étudiés pour déterminer s'il existe une corrélation entre des génotypes particuliers et les réponses immunitaires protectrices. Les données pour chaque groupe seront comparées pour déterminer la façon dont la réponse immunitaire au vaccin contre la grippe change en fonction du vieillissement.

Pour mener à bien ce programme de recherche, une expertise complémentaire des membres de l'équipe est nécessaire. Le profilage de l'expression génique sera effectué en Allemagne et le génotypage, au Canada. Dans le cadre de la Collaboration, il existe une forte possibilité de synergie avec le groupe chargé de la mise au point de vaccins et le groupe évaluant la prédisposition génétique à la grippe chez des modèles animaux. Par exemple, les gènes identifiés par le dernier groupe seront intégrés aux études de génotypage.

Puisqu'il est probable que les populations de différents groupes ethniques ont conservé différents éléments de gènes de réponse immunitaire durant leur évolution, il est essentiel de valider les résultats des études génétiques obtenus dans un pays en les comparant à ceux d'un groupe de population différent. L'étude binationale conjointe constitue un excellent outil pour valider de telles données génétiques.

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Stratégies de vaccination par voie muqueuse contre la grippe chez les populations présentant un risque élevé
Coordonnateurs : Andrew Potter et Carlos A. Guzman

La vaccination s'est révélée la méthode préventive la plus rentable contre l'infection. La vaccination par voie muqueuse favorise la réponse immunitaire là où se situe la première ligne de défense contre les infections. Par conséquent, cette méthode peut offrir une protection non seulement contre la maladie, mais également contre l'infection (c.-à-d. la colonisation), réduisant ainsi le risque de transfert horizontal des sujets infectés aux hôtes réceptifs.

Actuellement, les vaccins les plus souvent disponibles ont été mis au point pour les enfants et sont initialement testés presque exclusivement chez de jeunes adultes en santé. Les changements qui surviennent dans le système immunitaire au cours de la vie ne sont pas pris en considération. Plus précisément, le manque de préparations vaccinales adaptées aux personnes âgées constitue une réelle lacune pour nos populations qui vieillissent rapidement. Les réponses réduites à la vaccination chez les personnes âgées ont fait l'objet de nombreuses publications. Par exemple, malgré le fait que 70 à 90 % des personnes de moins de 65 ans sont protégées lorsqu'il n'y a aucune incompatibilité antigénique entre le vaccin contre la grippe et les souches virales en circulation, seulement 30 à 40 % des personnes de plus de 65 ans sont protégées. De telles études fournissent des données solides indiquant que le dérèglement peut agir en combinaison avec la diminution globale de l'immunité de l'hôte chez les personnes âgées.

Le principal objectif de ce programme de recherche consiste à élaborer et à évaluer de nouvelles stratégies de vaccination par voie muqueuse contre la grippe pandémique et annuelle, tout en mettant l'accent sur la protection efficace des enfants et des personnes âgées et sur la réduction des conséquences des infections bactériennes ultérieures. Pour établir les caractéristiques d'une préparation vaccinale efficace contre la grippe, on évaluera les réponses immunitaires contre le virus après la vaccination ou l'exposition naturelle et on comparera les résultats obtenus avec les différents groupes d'âge (enfants, adultes et personnes âgées) pour déterminer les corrélats de protection et les mécanismes d'échec de la vaccination. Des études seront également menées afin d'identifier les bactéries courantes causant une surinfection chez les patients infectés par le virus grippal. Grâce aux connaissances acquises dans le cadre de ces études, des stratégies vaccinales seront élaborées afin d'induire les réponses immunitaires souhaitées. Des systèmes d'administration des antigènes ainsi que des préparations vaccinales qui induisent spécifiquement une immunité muqueuse seront mis au point, puis leur immunogénicité, leur efficacité et la protection croisée qu'ils offrent contre d'autres souches de virus grippal seront évaluées chez la souris. Les vaccins candidats les plus prometteurs seront ensuite mis à l'essai chez le furet, le porc et la souris humanisée. De plus, l'effet du vaccin sur la prédisposition de l'hôte aux surinfections causées par certaines bactéries sera également évalué.

Les membres de l'équipe disposent de la masse critique, de l'expertise et des infrastructures nécessaires pour réaliser le programme de recherche proposé. Les équipes canadiennes et allemandes possèdent de l'expertise en matière de recherche clinique, y compris en ce qui concerne la prise en charge de patients adultes et pédiatriques atteints de pneumonie d'origine communautaire. Elles possèdent aussi une expertise complémentaire dans les domaines de l'épidémiologie, de la surveillance de la réponse immunitaire et de la mise au point clinique de vaccins et ont accès à des patients hospitalisés et ambulatoires ainsi qu'à des biobanques d'échantillons de patients. Les membres canadiens et allemands disposent de laboratoires dotés de modèles établis (souris, furet et porc) d'infections respiratoires bactériennes et virales et possèdent une expérience considérable en ce qui concerne les coinfections virales et bactériennes et la synergie virus-bactérie (y compris les analyses génomiques et protéomiques). Le Canada possède des installations à la fine pointe de la technologie, jusqu'au niveau de biosécurité 3, pour la mise à l'essai des vaccins chez de gros animaux, ce qui, pour l'instant, n'est pas le cas de l'Allemagne. De plus, de nouvelles installations pour animaux de niveau de biosécurité 3 sont actuellement en construction au Canada. Les partenaires canadiens et allemands possèdent des connaissances et des outils complémentaires en ce qui concerne les adjuvants, les systèmes d'administration des antigènes, les préparations vaccinales, la surveillance de la réponse immunitaire et l'immunologie muqueuse. Les partenaires allemands disposent, pour les études chez la souris, d'installations pour animaux exempts d'organismes pathogènes spécifiques (EOPS) allant jusqu'au niveau de biosécurité 3 et possèdent l'expertise dans la production de souris humanisées. Les partenaires canadiens et allemands possèdent des connaissances complémentaires sur les besoins des organismes de réglementation américains et européens et les marchés des vaccins. Tous les chercheurs principaux ont participé à des projets ou à des réseaux nationaux et internationaux de grande envergure ou en ont coordonné. Dans le cadre de la Collaboration, l'équipe peut fournir des modèles animaux perfectionnés pour la mise à l'essai des vaccins, les études sur les infections et la mise au point de médicaments, et il existe une possibilité de synergie avec d'autres équipes, dont l'équipe chargée d'étudier les déterminants génétiques de la prédisposition de l'hôte à la grippe.

Les résultats de ce programme de recherche permettront d'accroître les connaissances relatives aux corrélats de la protection contre l'infection grippale, aux principaux mécanismes d'échec de la vaccination contre la grippe et aux infections bactériennes types auxquelles les personnes atteintes de la grippe sont réceptives. Le programme permettra également d'établir des prototypes de vaccins pouvant déclencher les réponses immunitaires protectrices souhaitées, lesquels pourront être mis au point en vue d'une utilisation chez l'humain.

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Tests de mutagenèse à grande échelle pour identifier les déterminants génétiques de la prédisposition de l'hôte à la grippe
Coordonnateurs : Silvia Vidal et Klaus Schughart

Tous ne réagissent pas de la même façon à une infection, et il est, par conséquent, essentiel de comprendre les causes de ces différences afin de prévenir et de traiter le plus efficacement possible les maladies infectieuses.

L'objectif global de ce programme de recherche consiste à identifier les gènes qui jouent un rôle dans la prédisposition de l'hôte et/ou la résistance à l'infection par le virus grippal A. La recherche comportera deux volets : des tests de mutagenèse chez la souris et des études épidémiologiques chez l'humain. Les hypothèses et les résultats associés à ces deux volets seront activement échangés. C'est au croisement de la génétique humaine et murine que nous prévoyons accroître considérablement nos connaissances actuelles sur les prédispositions génétiques humaines aux maladies infectieuses. Les tests de mutagenèse seront réalisés dans les deux pays. La substance mutagène, l'ENU, sera utilisée pour faire muter aléatoirement des gènes de souris et produire des familles porteuses de mutations du génome. La troisième génération de ces familles (état homozygote) sera soumise à des tests visant à déceler une prédisposition ou une résistance accrue à deux sous-types du virus grippal A. D'autres laboratoires spécialisés des deux pays appuieront les tests en effectuant le phénotypage des variants génétiques et la caractérisation fonctionnelle des gènes sous-jacents. De plus, le rôle fonctionnel de ces gènes candidats sera évalué chez des animaux d'élevage, plus particulièrement des poulets. Dans le cadre des études épidémiologiques humaines, les patients présentant de fortes réponses aux infections par le virus grippal A seront identifiés. Les virus ainsi que l'ADN de ces patients seront isolés, et les possibles gènes de prédisposition de l'hôte seront étudiés au moyen d'une approche faisant appel à des gènes candidats, laquelle utilisera les gènes identifiés par les tests menés chez la souris. De plus, les gènes associés à la prédisposition à l'infection chez l'humain feront l'objet d'études sur des souris, ce qui permettra de confirmer les rapports de causalité entre le génotype et le phénotype.

Cette équipe interdisciplinaire est constituée de spécialistes en recherche clinique et expérimentale sur les maladies infectieuses et sera reliée aux réseaux cliniques et de recherche fondamentale existant dans les deux pays. Elle établira des relations avec la communauté européenne, l'Amérique du Nord et plusieurs pays, dont l'Inde, la Chine et la Russie. Les résultats de ces recherches permettront de soutenir le travail d'autres groupes de la Collaboration Canada-Allemagne. Par exemple, de nouvelles cibles d'intervention au moyen de petites molécules peuvent être identifiées, de même que des biomarqueurs pour surveiller la réponse de l'hôte à la vaccination.

Les connaissances acquises dans le cadre de ces recherches permettront d'élaborer de nouvelles stratégies pour personnaliser le diagnostic de la grippe dans l'avenir et pour traiter les maladies infectieuses chez l'humain. En outre, l'association des instituts vétérinaires et des réseaux de recherche facilitera l'élaboration de stratégies de prévention et de traitement pour le bétail.

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Approches axées sur des systèmes à l'égard des nouveaux agents antimicrobiens
Coordonnateurs : Gerry Wright et Ronald Frank

Il est constamment nécessaire de mettre au point de nouveaux agents antimicrobiens parce qu'avec le temps, les microbes acquièrent une résistance aux antimicrobiens actuellement disponibles, tels que les antibiotiques. Dans le passé, la recherche de nouveaux antimicrobiens reposait sur la détermination de la concentration minimale inhibitrice (CMI) [inhibition de la croissance microbienne lorsque des substances chimiques sont ajoutées à des types uniques de microbes cultivés en suspension]. Cette méthode ne tient pas assez compte de la diversité génétique des microbes qui apparaissent durant une infection. L'objectif global du programme de recherche consiste à repérer de nouvelles cibles et de nouveaux agents antimicrobiens en utilisant des approches axées sur la biologie des systèmes afin de comprendre la nature de leur interaction et de convertir les agents identifiés en médicaments. Des épreuves connues et nouvelles seront utilisées pour identifier les cibles et les voies intervenant dans la virulence et le métabolisme microbien in vivo. Ces épreuves comprendront notamment l'analyse complète de l'expression génique chez les microbes (transcriptomique), l'analyse bioinformatique comparative de réseaux cellulaires, l'utilisation de bactéries vivantes comme biocapteurs et des études de criblage du génome entier. Des groupes nombreux et variés de substances chimiques disponibles au Canada et en Allemagne seront soumis, seuls ou en combinaison, à des essais visant à déterminer leur activité antimicrobienne, dont des produits provenant de Streptomyces et de myxobactéries ainsi que des extraits d'autres produits naturels. Une analyse biochimique approfondie des interactions cible-substance chimique, dont la détermination de la structure tridimensionnelle, sera effectuée pour fournir des connaissances biologiques de base et faciliter la mise au point de médicaments.

Le Canada et l'Allemagne possèdent des infrastructures spécialisées, des réactifs et l'expertise pour réaliser le programme de recherche proposé, notamment le High Throughput Screening Laboratory (laboratoire de criblage à haut débit) de l'Université McMaster, au Canada, et la banque de composés du Centre Helmholtz pour la recherche sur les maladies infectieuses, en Allemagne. Il existe une possibilité de synergie avec le groupe ayant pour thème de recherche la fibrose kystique/Pseudomonas ainsi que le programme de recherche sur la mise au point de vaccins. Par exemple, les cibles révélées par les tests de virulence pourraient être soumises à des analyses visant à déceler leur potentiel vaccinal.

Il est impératif que nous continuions de découvrir et de mettre au point de nouveaux antimicrobiens. Le programme de recherche décrit aura recours à des approches modernes et novatrices qui permettront d'en apprendre davantage sur la biologie des microbes et d'identifier de nouveaux antimicrobiens ainsi que leurs mécanismes d'action.

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Génomique fonctionnelle et multirésistance aux médicaments de Pseudomonas aeruginosa
Coordonnateurs : Joseph Lam et Susanne Häußler

Pseudomonas aeruginosa est un pathogène opportuniste fréquent chez les hôtes immunodéprimés et les sujets atteints de fibrose kystique (FK) et constitue un problème important en raison de sa résistance intrinsèque aux antimicrobiens. Notre hypothèse de travail est que les souches environnementales de P. aeruginosa attaquent les poumons des patients atteints de fibrose kystique, causant une infection initiale aiguë qui évolue vers un état chronique. Les facteurs microbiens précis ainsi que les conditions environnementales nécessaires à la persistance bactérienne sont inconnus. L'objectif global du programme de recherche consiste à découvrir ces facteurs microbiens et environnementaux au moyen de la génomique fonctionnelle combinée à des approches axées sur la biologie des systèmes. Le concept fondamental est le suivant : Pseudomonas modifie ses facteurs de transcription pour permettre l'expression de gènes qui favorisent la croissance de la bactérie dans des environnements particuliers, dont les poumons des patients atteints de fibrose kystique. Plusieurs souches de P. aeruginosa, y compris les souches PA14 (une souche modèle), PA7 (isolat épidémique multirésistant aux antibiotiques), LESB58 hypervirulent (souche épidémique observée à Liverpool) et six autres souches dont le séquençage du génome est actuellement en cours, seront analysées, et les résultats seront comparés. L'analyse comprendra l'étude de l'expression des gènes aux niveau de l'ARNm et des protéines chez différentes souches de bactéries cultivées dans différentes conditions ainsi que l'analyse métabolique au moyen de BIOLOG et d'autres épreuves. Les résultats de ces recherches permettront d'identifier les biomarqueurs corrélés à la résistance aux antibiotiques et d'en apprendre davantage sur la capacité des bactéries de croître dans différents environnements.

Les données favoriseront le développement continu de la base de données sur le génome de Pseudomonas (Pseudomonas Genome Database) et de la base de données SYSTOMONAS. L'équipe prévoit intégrer ces bases de données pour fournir un outil interactif complet permettant d'examiner l'évolution et l'adaptation de P. aeruginosa et de révéler les biomarqueurs qui pourraient devenir des cibles pour la mise au point de nouveaux antimicrobiens.

Ce projet mené en collaboration tire parti de l'expertise d'un bon nombre des chercheurs réputés des deux pays qui étudient P. aeruginosa. Susanne Haubler, Burkhard Tummler et Dieter Jahn, de l'Allemagne, étudient l'évolution de Pseudomonas aeruginosa dans les poumons des patients atteints de fibrose kystique et possèdent une collection d'explants pulmonaires et d'isolats cliniques séquentiels de P. aeruginosa provenant de patients. Haubler a examiné certains de ces isolats au moyen de modèles de biofilms pour déterminer les changements phénotypiques des isolats dans ce type de croissance, qui simule leur activité dans les poumons des patients atteints de fibrose kystique. Tummler est un chef de file en matière de structures du génome de P. aeruginosa et a déterminé les rapports phylogénétiques d'un grand nombre d'isolats cliniques de la bactérie. La base de données SYSTOMONAS a été créée par Jahn pour faciliter la collecte d'une série exhaustive de données dans le cadre d'expériences au moyen d'une approche axée sur la biologie des systèmes qui fait appel à la génomique, à la protéomique et à la métabolomique. Joseph Lam, Roger Lévesque et Paul Roy, du Canada, ont formé un consortium pour étudier la multirésistance de P. aeruginosa aux médicaments. Ils souhaitent utiliser une approche axée sur la biologie des systèmes pour examiner les caractéristiques phénotypiques uniques des souches épidémiques et des souches multirésistantes aux médicaments. Lam est un expert dans l'étude des modifications de la surface cellulaire des bactéries attribuables aux interactions entre l'hôte et le pathogène ainsi que dans l'utilisation de la spectrométrie de masse pour identifier les composants des complexes membranaires des bactéries multirésistantes aux médicaments. Lévesque, Hancock et Brinkman participent au séquençage de LESB58. De plus, Lévesque apporte son expertise en matière d'utilisation de la mutagenèse par étiquette signature et d'infection chez des modèles animaux pour identifier les gènes essentiels à la survie de la bactérie chez l'hôte. Roy a dirigé le séquençage entier du génome de la souche PA7 avec la collaboration de l'Institut de recherche génomique (TIGR). Toute cette expertise servira de plateforme au programme de recherche proposé. Il existe également une synergie entre le groupe responsable de ce thème et le groupe ayant pour thème la mise au point d'antimicrobiens, puisque les nouvelles cibles identifiées dans le cadre de ce programme de recherche pourraient servir au criblage à haut débit de composés antimicrobiens.

Les résultats de ces recherches devraient contribuer à la compréhension des mécanismes sous-jacents aux infections à Pseudomonas chez l'hôte immunodéprimé et à la mise au point de méthodes visant à prévenir et à traiter ces sujets.

Prochaines étapes

Plusieurs activités à venir ont été abordées et planifiées durant la réunion :

• Un accord de consortium sera rédigé et remis à tous les membres de la Collaboration.
• Un expert canadien en matière de propriété intellectuelle sera choisi pour travailler avec le Dr Christian Stein, d'Ascenion GmbHA, afin d'élaborer une entente sur la propriété intellectuelle.
• Des réunions entre des membres de la Collaboration et des hauts représentants d'organismes canadiens et allemands de financement de la recherche sont prévues pour donner aux organismes de financement des renseignements concernant le réseau et ses activités de recherche proposées en vue d'obtenir du financement.
• Le Dr Emil Skamene organisera une réunion de la Collaboration à Montréal, en 2008. Cette réunion sera ouverte aux membres de la Collaboration et aux autres personnes intéressées du milieu de la recherche. La réunion comportera des exposés par des spécialistes externes, des ateliers et des présentations par affiches. Les étudiants et les autres stagiaires seront encouragés à y assister. Un comité de programme sera mis sur pied pour assurer l'organisation de la réunion.
• Afin de faciliter la communication, un site Web sera créé. Les rapports et les demandes de subvention y seront affichés.
• Un bulletin soulignant les activités et les réalisations de la Collaboration sera produit et distribué aux membres et aux autres parties intéressées.

Résumé

Les organisateurs et les participants ont beaucoup apprécié la nature constructive de la réunion, l'esprit de collégialité, l'enthousiasme et la camaraderie qui régnaient parmi les participants ainsi que les progrès qui ont été réalisés. Dans un questionnaire invitant les participants à fournir des commentaires sur la rencontre, ceux-ci ont convenu que la réunion avait été une totale réussite et se sont dits satisfaits de l'organisation et de l'animation remarquables, de la possibilité de discuter avec des collègues et des projets de travail concrets qui ont été élaborés. Consulter à l'annexe 5 pour en savoir davantage sur les commentaires des participants à la réunion.

Les projets examinés et élaborés lors des réunions de Montréal et de Braunschweig sont novateurs, ambitieux et de nature à favoriser une véritable collaboration. Les travaux prévus requièrent des efforts concertés et la participation des chercheurs des deux pays. Une telle collaboration créera une synergie et ajoutera de la valeur aux résultats des projets. Les résultats des recherches menées ainsi que les produits mis au point dans le cadre de la Collaboration devraient avoir une incidence majeure sur la prévention et le traitement des maladies respiratoires chroniques et aiguës, dont la pandémie de grippe, laquelle, selon les prévisions actuelles, entraînera des effets économiques et sociaux majeurs et causera de nombreux décès à l'échelle mondiale.

Annexe 1 : Membres du comité organisateur

Coprésidents :

• Rudi Balling, Centre Helmholtz pour la recherche sur les maladies infectieuses
• Emil Skamene, Université McGill

Membres :

• John Carey, Accord de coopération scientifique et technologique Canada-Allemagne
• Abigail Forson, Direction des relations internationales des IRSC
• Peter Lange, Accord de coopération scientifique et technologique Canada-Allemagne
• Carol Richardson, Institut des maladies infectieuses et immunitaires des IRSC
• Bhagirath Singh, Institut des maladies infectieuses et immunitaires des IRSC
• Dorothy Strachan, Strachan-Tomlinson, Principes de conception et animation

Annexe 2: Liste des participants à la réunion

Nom	Instituts/Entreprises
Rudi Balling	Centre Helmholtz pour la recherche sur les maladies infectieuses
Birgit Balster	Centre Helmholtz pour la recherche sur les maladies infectieuses
Albert Berghuis	Université McGill
Jan Buer	Centre Helmholtz pour la recherche sur les maladies infectieuses /MHH
Dirk Bumann	École de médecine de Hannover (MHH)
Trinad Chakraborty	Uni Giessen Institut für Medizinische Mikrobiologie des Universitätsklinikums
Abigail Forson	Direction des relations internationales des IRSC
Ronald Frank	Centre Helmholtz pour la recherche sur les maladies infectieuses
Gerald Gerlach	TiHO
Philip Griebel	VIDO
Carlos A. Guzman	Centre Helmholtz pour la recherche sur les maladies infectieuses
Susanne Häußler	Centre Helmholtz pour la recherche sur les maladies infectieuses
Dieter Jahn	Technical University Braunschweig
Joe Lam	Université de Guelph
Andreas Lengeling	Centre Helmholtz pour la recherche sur les maladies infectieuses
Roger Levesque	Université Laval
Mark Loeb	Hôpital Henderson, Université McMaster
Stefan Ludwig	Universität Münster
Eva Medina	Centre Helmholtz pour la recherche sur les maladies infectieuses
Stefan Meuer	Université de Heidelberg
Irina Nazarenko	German Cancer Center
Andrew Potter	VIDO-Université de la Saskatchewan
Carol Richardson	Institut des maladies infectieuses et immunitaires des IRSC
Paul Roy	Université Laval
Max Schobert	Technical University Braunschweig
Klaus Schughart	Centre Helmholtz pour la recherche sur les maladies infectieuses
Bhagirath Singh	Institut des maladies infectieuses et immunitaires des IRSC
Emil Skamene	Centre de santé de l’Université McGill
Christian Stein	Ascenion GmbH
Burkhart Tümmler	École de médecine de Hannover (MHH)
Silvia Vidal	Université McGill
Brian Ward	Centre de santé de l’Université McGill
Tobais Welte	École de médecine de Hannover (MHH)
Gerry Wright	Université McMaster
Consultation et facilitation du processus
Strachan-Tomlinson, Principes de conception et animation

Annexe 3 : Ordre du jour de la réunion

Collaboration Canada-Allemagne en recherche sur les maladies infectieuses
Réunion de stade II
Centre Helmholtz pour la recherche sur les maladies infectieuses, Braunschweig
Endroit : Forum du Centre Helmholtz pour la recherche sur les maladies infectieuses
22-23 mars 2007
Coprésidents : Rudi Balling and Emil Skamene

Le jeudi 22 mars 2007
8 h 30	Accueil et mot d'ouverture Dr Bhagirath Singh, Institut des maladies infectieuses et immunitaires des IRSC Dr Peter Lange, coprésident allemand de l'accord Canada-Allemagne
8 h 45	Déroulement de la réunion : approche, résultats, présentations, rapport Dorothy Strachan, animatrice
9 h 15	Origine et objectifs de la Collaboration Canada-Allemagne en recherche sur les maladies infectieuses Dr Rudi Balling, Dr Emil Skamene
9 h 30	Initiative de recherche sur la capacité d'intervention en cas de pandémie du Canada Dr Bhagirath Singh, Institut des maladies infectieuses et immunitaires des IRSC
9 h 40	Présentation du « réseau allemand de recherche sur la grippe » Dr Stephan Ludwig, Université de Münster
9 h 50	Discussion
10 h	Survol du déroulement des discussions de groupes sur les thèmes : Dorothy Strachan Feuille de travail des groupes : titre, membres de l'équipe, objectifs, survol descriptif, valeur ajoutée à ce projet qui sera mené par une équipe canado-allemande, principaux éléments du projet, calendrier approximatif, jalons potentiels, complémentarité canado-allemande, interaction avec d'autres projets/composants/mécanismes, questions clés nécessitant un examen approfondi.
10 h 10	Pause
10 h 30	Planification des activités des groupes selon les thèmes : déterminants génétiques de la réponse à la vaccination/l'immunisation génétique de la prédisposition aux infections respiratoires nouvelles stratégies de vaccination contre les pathogènes respiratoires virulence microbienne et résistance aux antibiotiques microévolution des bactéries dans les poumons des personnes atteintes de fibrose kystique
12 h	Déjeuner
13 h	Déroulement des exposés sur les résultats des groupes selon les thèmes : Dorothy Strachan
13 h 05	Exposés des groupes selon les thèmes (chaque exposé : 10 minutes; séance de questions/réponses : 10 minutes) Déterminants génétiques de la réponse à la vaccination/l'immunisation Génétique de la prédisposition aux infections respiratoires Nouvelles stratégies de vaccination contre les pathogènes respiratoires
14 h 10	Pause
14 h 30	virulence microbienne et résistance aux antibiotiques microévolution des bactéries dans les poumons des personnes atteintes de fibrose kystique
15 h 45	Discussion en plénière : Dorothy Strachan Points de vue et observations sur les exposés des équipes Autres activités à réaliser par les équipes le lendemain Défis associés à l'intégration : la synergie de six équipes Aperçu des exposés du lendemain
16 h 30	Propriété intellectuelle - Dr Christian Stein
17 h	Programme du lendemain
17 h 10	Réunion du comité organisateur
Le vendredi 23 mars 2007
8 h 30	Survol du programme : Dorothy Strachan Discussion sur la propriété intellectuelle : résumé des principaux points en plénière
9 h	Réunions des groupes selon les thèmes pour améliorer et terminer le travail d'équipe de jeudi
10 h	Pause
10 h 15	Rapports des groupes : (5 minutes par groupe) Approche intégrée : les deux meilleures suggestions Défis associés à la mise en oeuvre : les deux questions les plus importantes
10 h 45	Commentaire : une approche intégrée - la synergie de cinq équipes Rudi Balling et Emil Skamene Accord de consortium Demandes des équipes Entente sur la propriété intellectuelle
11 h 45	Résumé et prochaines étapes : Rudi Balling et Emil Skamene

Annexe 4 : Projets de recherche détaillés sur les thèmes prioritaires stratégiques

Déterminants génétiques et environnementaux de la réponse immunitaire au vaccin inactivé contre la grippe

Membres de l'équipe de projet

• Du Canada
  Coordonnateur : Mark Loeb
  Autres membres de l'équipe : Emil Skamene, Rafick Sekaly et Erwin Schurr

• De l'Allemagne
  Coordonnateur : Stefan Meuer
  Autres membres de l'équipe : Jan Buer, Dolores Schendel et Rudi Balling

Objectifs

Le principal but de ce programme de recherche est de découvrir les déterminants de la réponse au vaccin inactivé contre la grippe chez différents groupes d'âge. Les objectifs sont les suivants :

1. déterminer les profils d'expression génique associés aux anticorps protecteurs;
2. déterminer les génotypes associés à cette réponse;
3. identifier les covariables environnementales jouant un rôle dans la réponse au vaccin contre la grippe.

Description du projet

• Former trois cohortes différentes de participants en fonction de l'âge (5 à 15 ans; 20 à 50 ans; > 65 ans) qui recevront le vaccin inactivé contre la grippe.
• Effectuer des tests de sérologie (inhibition de l'hémagglutination) au début de l'étude et quatre semaines après la vaccination pour déterminer la réponse au vaccin.
• Obtenir du sang total pour le profilage de l'expression génique à des intervalles prédéterminés (à déterminer par une étude pilote)
• Obtenir les données démographiques et mesurer d'autres caractéristiques propres aux participants.
• Modéliser la réponse au vaccin en fonction des variables susmentionnées.

Blocs de tâches

• Populations de patients : 1) Enfants participant à une étude clinique dans les provinces des Prairies (population fondatrice - huttérites), travailleurs de la santé (20 à 50 ans), bénévoles dans des hôpitaux (> 65 ans)
• Plateforme de phénotypage immunitaire (Allemagne/Canada)
• Plateforme de génotypage (Canada)

Calendriers et jalons des blocs de tâches

Projet pilote : octobre 2007 à septembre 2008
Recrutement des patients : octobre 2008 à novembre 2009

Approche intégrée

Complémentarités de l'équipe canado-allemande

• Chaque pays participera au recrutement de la population de participants.
• La plateforme de profilage de l'expression génique sera installée en Allemagne, et la plateforme de génotypage, au Canada.

Contribution de cette équipe au réseau canado-allemand FIRE & ICE

• Forte possibilité de synergie avec le groupe responsable de la mise au point de vaccins qui évaluera la réponse immunitaire au vaccin contre la grippe chez des modèles animaux.
• Synergie avec le groupe évaluant la prédisposition génétique à la grippe chez des modèles animaux.

Contributions des autres équipes du réseau canado-allemand FIRE & ICE à cette équipe

• Les gènes candidats provenant des modèles animaux seront importants, car ils seront intégrés à nos projets de génotypage.
• Nos résultats pourraient être validés par le groupe responsable des vaccins pour animaux.

Autres éléments/mécanismes/activités/institutions qui pourraient contribuer au projet

• P. ex. financement pour la pandémie par les IRSC, IRC, Génome Canada

Mise en oeuvre

Possibilités et défis pour soutenir les prochaines étapes et la mise en oeuvre à plus long terme

• Prolongation des activités préexistantes

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Stratégies de vaccination par voie muqueuse contre la grippe chez les populations présentant un risque élevé

Membres de l'équipe de projet

• Du Canada
  Coordonnateur : Andrew Potter (VIDO)
  Autres membres de l'équipe : Philip Griebel (VIDO) et Brian Ward (Université McGill)

• De l'Allemagne
  Coordonnateur : Carlos A. Guzman (Centre Helmholtz pour la recherche sur les maladies infectieuses)
  Autres membres de l'équipe : Gerald Gerlach (TiHo), Tobias Welte (MHH, absent)

Objectifs

• Élaborer de nouvelles stratégies de vaccination par voie muqueuse contre la grippe endémique et pandémique.
• Établir des approches pour offrir une protection efficace aux enfants et aux personnes âgées.
• Mettre au point des modèles murins et porcins pour étudier la surinfection, par Streptococcus spp. et d'autres bactéries pathogènes, d'animaux infectés par la grippe.
• Évaluer l'effet du vaccin sur les conséquences des infections provoquées par des agents causant une surinfection.

Description du projet

• Évaluer les réponses immunitaires après une infection et la vaccination chez différents groupes d'âge (c.-à-d. enfants, adultes, personnes âgées) afin de définir de meilleurs corrélats de protection, d'analyser les mécanismes d'échec de la vaccination et d'établir les préalables d'un vaccin efficace contre la grippe.
• Effectuer des études épidémiologiques pour déterminer les principaux agents bactériens causant une surinfection chez les patients atteints de la grippe.
• Élaborer des stratégies de vaccination par voie muqueuse pour déclencher les réponses immunitaires cellulaires et humorales appropriées chez les personnes âgées et les enfants suivant la vaccination par voie muqueuse.
• Effectuer une évaluation comparative chez différents modèles animaux expérimentaux (souris, souris humanisée, porc et furet) de l'immunogénicité et de l'efficacité des préparations vaccinales afin de choisir les candidats les plus prometteurs pour la mise au point clinique.
• Établir un modèle animal expérimental de surinfection pour évaluer l'effet du vaccin sur les infections bactériennes subséquentes.

Blocs de tâches (BT)

BT1 : Évaluer les réponses cliniques et immunitaires après une infection et la vaccination :

• Évaluer les réponses immunitaires après une infection et la vaccination chez différents groupes d'âge (c.-à-d. enfants, adultes, personnes âgées).
• Mieux définir les corrélats de protection.
• Analyser les mécanismes d'échec de la vaccination.
• Effectuer des études épidémiologiques pour identifier les agents causant une surinfection chez les patients atteints de la grippe.

BT2 : Élaborer des stratégies de vaccination pour déclencher les réponses immunitaires souhaitées.

Les types précis de réponse immunitaire seront définis selon le résultat du BT1. Une attention particulière sera accordée à la mise en oeuvre de stratégies de vaccination pouvant déclencher des réponses immunitaires par voie muqueuse (parce qu'elles sont efficaces pour empêcher la transmission de la grippe).

• Identifier les modes d'administration des antigènes pouvant déclencher les réponses adéquates.
• Choisir des adjuvants qui améliorent les réponses immunitaires chez les animaux jeunes et vieux.
• Mettre au point des préparations vaccinales qui stimulent la réponse immunitaire générale et la réponse au niveau des muqueuses.

BT3 : Évaluer l'immunogénicité et l'efficacité des préparations et des stratégies les plus efficaces chez des modèles animaux expérimentaux.

• Évaluer l'immunogénicité des préparations choisies chez la souris.
• Confirmer l'efficacité des meilleurs candidats chez le furet.
• Évaluer l'immunogénicité des préparations les plus prometteuses chez le porc.
• Évaluer l'immunogénicité des préparations les plus prometteuses chez la souris humanisée.
• Évaluer l'effet du vaccin sur la prédisposition de l'hôte à un agent bactérien pouvant causer une surinfection.

Dans le contexte du BT, la capacité des préparations vaccinales les plus prometteuses à induire une protection croisée sera également évaluée (p. ex. titrage des anticorps inhibiteurs de l'hémagglutination et études d'efficacité).

Résultats attendus :

• Connaissance des principaux mécanismes d'échec de la vaccination chez les enfants et les personnes âgées.
• Identification des principaux pathogènes bactériens causant une surinfection.
• Meilleurs marqueurs de corrélation en ce qui concerne la protection.
• Identification de systèmes d'administration des antigènes et des adjuvants pouvant déclencher des réponses immunitaires bien définies.
• Connaissance comparative des réponses immunitaires déclenchées chez la souris, la souris humanisée et le porc après l'administration d'une préparation vaccinale bien définie.
• Choix de prototypes de vaccins pouvant déclencher les réponses immunitaires souhaitées en vue de leur mise au point clinique.

Calendriers et jalons pour les blocs de tâches

Choix du moment pour le début du projet global : Le travail d'avant-projet pour la sélection des stratégies de vaccination et des modulateurs immunitaires les plus appropriés a déjà été entamé grâce à du financement interne. Cela vaut également pour la mise au point de modèles expérimentaux essentiels et la formation de cohortes de patients appropriées. Les principaux efforts concertés seront déployés dès que les capitaux d'amorçage seront obtenus pour les études initiales.

Calendrier prévu pour la fin du projet global : 3 ans

Jalons et calendriers pour les principaux composants des projets :

Composant du BT1 :

Dépend en partie de la gravité des éclosions annuelles de grippe

• Terminer la collecte de données sur deux saisons grippales (durant 18 mois, en commençant par la saison grippale).
• Terminer l'analyse des données (mois 24).
• Terminer l'étude sur les agents causant une surinfection (mois 36).

Composant du BT2 :

• Effectuer la sélection primaire des stratégies de vaccination pouvant déclencher des réponses immunitaires chez les souris jeunes et âgées (mois 18).
• Optimiser les réponses immunitaires chez les animaux jeunes et âgés (mois 30).

Composant du BT3 :

• Évaluer l'immunogénicité et l'efficacité des candidats de première génération (mois 24).
• Évaluer l'immunogénicité et l'efficacité des candidats de deuxième génération (mois 36).

Approche intégrée

Complémentarité de l'équipe canado-allemande

Les membres du consortium disposent de la masse critique, de l'expertise et des infrastructures pour mettre au point des vaccins contre les agents bactériens et viraux causant des infections respiratoires. Les partenaires canadiens (McGill) et allemands (MHH) possèdent l'expertise en matière de recherche clinique, y compris la prise en charge de patients adultes et pédiatriques atteints de pneumonie d'origine communautaire. Les membres des deux pays possèdent une expertise complémentaire en épidémiologie, en surveillance de la réponse immunitaire et en mise au point clinique de vaccins. Ils ont, de plus, accès à des patients hospitalisés et ambulatoires, ainsi qu'à des biobanques d'échantillons de patients (p. ex. German Competence Network on community-acquired pneumonia [réseau allemand d'expertise en matière de pneumonie d'origine communautaire, CAP-NET]). Les laboratoires canadiens (VIDO, McGill) et allemands (MHH, TiHo) sont dotés de modèles établis (souris, furet et porc) d'infections respiratoires bactériennes et virales et possèdent une expérience considérable en ce qui concerne les coinfections virales et bactériennes et la synergie virus-bactérie (y compris les analyses génomiques et protéomiques). Le Canada (VIDO) possède des installations à la fine pointe de la technologie, jusqu'au niveau de biosécurité 3, pour la mise à l'essai des vaccins chez de gros animaux, ce qui, pour l'instant, n'est pas le cas de l'Allemagne. Les partenaires canadiens (VIDO, McGill) et allemands (Centre Helmholtz pour la recherche sur les maladies infectieuses) possèdent des connaissances et des outils complémentaires en ce qui concerne les adjuvants, les systèmes d'administration des antigènes, les préparations vaccinales, la surveillance de la réponse immunitaire et l'immunologie muqueuse. Les partenaires allemands (Centre Helmholtz pour la recherche sur les maladies infectieuses) disposent, pour les études chez la souris, d'installations pour animaux exempts d'organismes pathogènes spécifiques (EOPS) allant jusqu'au niveau de biosécurité 3 et possèdent l'expertise dans la production de souris humanisées. Les partenaires canadiens et allemands possèdent des connaissances complémentaires sur les besoins des organismes de réglementation américains et européens et les marchés des vaccins. Tous les chercheurs principaux ont participé à des projets ou à des réseaux nationaux et internationaux de grande envergure (Gates, Génome Canada, Commission européenne, etc.) ou en ont coordonné.

Contribution de cette équipe au réseau canado-allemand FIRE & ICE

• Modèles animaux perfectionnés (souris conventionnelle et humanisée, porc) pour la mise à l'essai des vaccins, les études sur les infections et la mise au point de médicaments
• Production d'ensembles de données complémentaires au projet concernant l'identification des déterminants génétiques de la prédisposition de l'hôte à la grippe et de la réponse à la vaccination. Dans ce contexte particulier, des collaborations sont prévues
• Modèle de surinfection pour des études de prédisposition génétique
• Tests de sélection de petites molécules ayant des effets adjuvants

Contributions d'autres équipes du réseau canado-allemand FIRE & ICE à cette équipe

• Des collaborations sont prévues avec le groupe chargé du projet d'identification des déterminants génétiques de la prédisposition de l'hôte à la grippe et de la réponse à la vaccination.
• Expertise en matière d'immunité muqueuse (projet susmentionné)
• Archivage d'ADN
• Petites molécules ayant des effets adjuvants

Autres éléments/mécanismes/activités/institutions qui pourraient contribuer au projet

• Rafick Sekaly (surveillance immunitaire)
• Réseau allemand de recherche sur la grippe
• Installations pour animaux de niveau de biosécurité 3 de l'Agence canadienne d'inspection des aliments (ACIA)
• CAP-NET
• Initiative canadienne de recherche sur la capacité d'intervention en cas de pandémie

Mise en oeuvre

Possibilités et défis pour soutenir les prochaines étapes et la mise en oeuvre à plus long terme

• AP communiquera avec Richard Harland de Novartis au sujet de la possibilité d'un partenariat et d'un financement.
• Lettre d'intérêt relative à l'Initiative canadienne de recherche sur la capacité d'intervention en cas de pandémie
• CAG communiquera avec Crucell et les entreprises affiliées.
• Autres : Bill et Melinda Gates, ACDI, etc.

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Tests de mutagenèse à grande échelle pour identifier les déterminants génétiques de la prédisposition de l'hôte à la grippe

Membres de l'équipe de projet

• Du Canada
  Coordonnatrice : Silvia Vidal
  Autres membres de l'équipe : Emil Skamene, Sal Qureshi, Mark Loeb, Earl Brown, Philippe Gros et Erwin Schurr

• De l'Allemagne
  Coordonnateur : Klaus Schughart
  Autres membres de l'équipe : Eva Medina, Stephan Ludwig, Thorsten Wolf/
  Brunhilde Schweiger et Peter Stäheli

Objectifs

Objectifs scientifiques

• Identifier les régions génétiques ou les locus de gènes intervenant dans la résistance et/ou la prédisposition aux infections par le virus grippal A.
• Utiliser des modèles murins pour comprendre les interactions entre le pathogène et l'hôte chez l'humain et les animaux d'élevage.
• Caractériser le phénotype de l'hôte.
• Caractériser les voies biochimiques.
• Caractériser les facteurs de virulence virale concernés.
• Valider les résultats obtenus chez l'humain et les animaux d'élevage.

Autres objectifs

• Procéder à des échanges d'étudiants, de réactifs, de technologies, de souches de souris et de mutants.
• Constituer une base de données commune (base de données intégrée).
• Prendre des mesures pour que des efforts soient déployés à l'échelle internationale.

Description du projet

• Test par ENU chez des souris C57BL/6J avec les souches H1N1 et H7N7
• Détermination du phénotype primaire de souris adultes (survie, charges virales)
• Détermination du phénotype secondaire (réponse cellulaire autonome, immunophénotypage des réponses immunitaires innées et adaptives)
• Cartographie des mutations, cartographie détaillée et clonage des mutations géniques sous-jacentes
• Analyse fonctionnelle des gènes de l'hôte et des facteurs viraux concernés
• Validation pour les régions et les gènes orthologues chez l'humain et les animaux d'élevage
• Mise en valeur et utilisation des nouveaux modèles murins produits pour déterminer le pronostic et les facteurs de risque (génétiques et biomarqueurs) chez l'humain et les animaux d'élevage; se pencher sur les différences observées entre souris et humain et étudier les voies et les réseaux géniques communs

Bloc de tâches

BT1 :

• Préparation et caractérisation des stocks de virus communs
• Constitution d'une base de donn ées interactive commune
• Préparation aux tests de mutagenèse par ENU et obtention de familles de 3egénération
• Mise en place de PNE concernant l'infection et le phénotypage, le modèle d'infection, les méthodes de phénotypage primaire et secondaire et la consignation des données

BT2 :

• Sélection des familles mutagénisées de 3e génération

BT3 :

• Cartographie et analyse de séquences (régions candidates en Mo et gènes candidats)
• Cartographie à faible résolution
• Haute résolution
• Séquençage de la région candidate
• Identification du gène candidat

BT4 :

• Validation du gène candidat
• Surexpression et répression en culture cellulaire, transgénique, KO

BT5 :

• Analyse fonctionnelle du ou des gènes de prédisposition/résistance
• Interactions interprotéines dans le contexte de l'infection virale
• Cycle de vie et virulence des virus
• Analyse biochimique
• Analyse cellulaire (voie, etc.)
• Analyse de l'expression
• Analyse du réseau
• Fonction in vivo (système immunitaire, homéostasie des organes, etc.)

BT6 :

• Mise en valeur du modèle murin
• Pertinence du ou des gènes de prédisposition/résistance dans le contexte d'autres infections
• Identification des biomarqueurs dans le protéome sérique et le phosphoprotéome cellulaire (à transduire chez l'humain et les animaux d'élevage)
• Réponse au vaccin chez les mutants murins (à transduire chez l'humain et les animaux d'élevage)
• Identification des gènes orthologues chez l'humain (p. ex. les patients présentant une forte prédisposition aux infections, les patients présentant de graves complications de l'infection grippale) et les animaux d'élevage pour rechercher des associations avec la prédisposition/résistance aux infections
• Comparaison entre la souris et l'humain (voies communes et différentes menant à la création de souris humanisées pour déterminer la prédisposition aux infections et mettre au point de nouveaux traitements pour l'humain)

Calendriers et jalons pour les blocs de tâches

Choix du moment pour le début du projet global : Vers la moitié de l'année 2007 - demande de subventions aux IRSC et au réseau national allemand de recherche sur le génome (NGFN)

Calendrier prévu pour la fin du projet global : 5 ans

• BT1 : mois 0-9
• BT2 : mois 9-48
• BT3 : mois 18-60
• BT4 : mois 24-60
• BT5 : mois 36-60
• BT6 : mois 36-60

Approche intégrée

Complémentarité de l'équipe canado-allemande

• Accroître les sous-types de virus
  H1N1 au Canada
  H7N7 en Allemagne

• Détermination du phénotype secondaire et expertise connexe
  Réponse innée au Canada
  Réponse adaptive en Allemagne
  Réponse cellulaire autonome en Allemagne

• Génotypage au Canada
  Séquençage en Allemagne

• Mise en valeur
  Protéome sérique au Canada et phosphoprotéome en Allemagne
  Autres souches virales (NRF en Allemagne, collection de souches au Canada)

Tirer parti d'autres approches génétiques complémentaires, particulièrement les analyses sur les caractères complexes

• Ressources complémentaires sur les souris en Allemagne et au Canada

• Infrastructures pour travailler sur des souches virulentes
  Niveau de biosécurité 3 au Canada
  Niveau de biosécurité 3 en Allemagne après 2008

• Groupes de vétérinaires et expertise connexe
  FLI, TiHo en Allemagne
  VIDO au Canada

Contribution de cette équipe au réseau canado-allemand FIRE & ICE

• Identifier des gènes et des voies cibles pour une plus grande résistance innée de l'hôte et une efficacité accrue de la vaccination.
• Formuler des hypothèses concernant les déterminants génétiques de la réponse au vaccin.
• Identifier des cibles d'intervention par de petites molécules.
• Identifier des biomarqueurs pour surveiller la réponse de l'hôte à la vaccination ou aux infections virales (nouvelles stratégies de vaccination, déterminants génétiques de la réponse au vaccin).

Contributions des autres équipes du réseau canado-allemand FIRE & ICE à cette équipe

• Apporter une perspective humaine.
• Déterminer des régions et des gènes candidats d'après des études menées chez l'humain (déterminants génétiques de la réponse au vaccin).
• Identifier de petites molécules pour analyser les interactions entre le pathogène et l'hôte (biologie chimique).

Autres éléments/mécanismes/activités/institutions qui pourraient contribuer au projet

• Réseau de recherche sur la grippe (consortium sur les zoonoses, Allemagne - approbation finale prévue en mai 2007)
• GeNeSys (consortium sur les caractères complexes, Allemagne)
• EuroFlu (biologie du virus de la grippe aviaire hautement pathogène, EU FP6, Allemagne)
• FluInnate (réponse innée au virus de la grippe aviaire hautement pathogène, EU FP6, Allemagne)
• Virgil (mécanismes de résistance au VHB, au VHC, à la grippe, EU FP6, Allemagne)
• Réseau canadien de maladies génétiques (Canada)
• Groupe de travail sur la préparation à la grippe (Canada)
• Comité sur les souches congéniques recombinantes (Canada)
• Centre du génome de Montréal (Canada)
• Lettre d'intérêt présentée pour la subvention d'équipe des IRSC (approbation prévue en mai 2007, échéance de la demande complète : sept. 2007)
• Lettre d'intérêt présentée pour la subvention des équipes en voie de formation responsables de la « Préparation à la grippe » (échéance : juin 2007, demande complète : janv. 2008)

Mise en oeuvre

Possibilités et défis pour soutenir les prochaines étapes et la mise en oeuvre à plus long terme

• NGFN3 et IRSC (échéance pour le NGFN : 21 juillet 2007 et pour les IRSC : sept. 2007)
• Génome Canada
• NIH

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Approches axées sur des systèmes à l'égard des nouveaux agents antimicrobiens

Membres de l'équipe de projet

• Du Canada
  Coordonnateur : Gerry Wright
  Autres membres de l'équipe : Eric Brown et Albert Berghuis

• De l'Allemagne
  Coordonnateur : Ronald Frank
  Autres membres de l'équipe : Dirk Bumann et Trinad Chakraborty

Objectifs

Dans le passé, la recherche de nouveaux antimicrobiens reposait sur la détermination in vitro de la CMI. Cette méthode ne tient pas assez compte de la diversité génétique des microbes qui apparaissent durant une infection. Il est possible d'exploiter les différences observées entre les tests in vitro et celles notées durant les infections pour mettre au point des antimicrobiens.

• Recourir à la biologie du 21e siècle pour améliorer les tests datant du 19e siècle, p. ex. la biologie des systèmes, la biologie des infections in vivo.
• Utiliser la diversité des produits chimiques dont disposent les partenaires canadiens et allemands.
• Étudier les paires tête de série-cible par l'analyse mécaniste, la recherche biochimique détaillée et l'analyse de la structure tridimensionnelle pour considérer les rapports activité-structure comme base de la chimie médicinale.
• Valider les résultats chez des modèles animaux.

Description du projet

• Utiliser les tests actuels et en concevoir d'autres pour identifier et évaluer d'anciennes et de nouvelles protéines et voies cibles associées au métabolisme et à la virulence in vivo.
• Utiliser des approches axées sur la biologie des systèmes pour explorer de nouvelles combinaisons de composés et identifier les interactions cible-composé ainsi que les interactions hors-cible (tox., résistance, métabolisme).
• Convertir les têtes de série en médicaments.

Blocs de tâches

• Mise au point de tests - modèles pour le criblage à haut débit
• Nouveaux composés chimiques
• Analyse subséquente des interactions cible-composé

Calendriers et jalons des blocs de tâches

Choix du moment pour le début du projet global : 18 mois
Calendrier prévu pour la fin du projet global : 5 ans

Jalons et calendriers pour les principaux composants des projets :

Composant du BT1 : Mise au point de tests

• Tests cellulaires de résistance et de sensibilité aux antibiotiques (en place)
• Études du transcriptome sur le génome entier (SARM d'origine communautaire, Pseudomonas)
• Analyse bioinformatique comparative de réseaux cellulaires
• Bactéries vivantes entières en tant que biocapteurs
• Criblage de combinaisons chimiques non évidentes

Composant du BT2 :

• Produits naturels myxobactériens (en place)
• Purification de produits naturels à partir d'extraits (en cours)
• Expansion combinatoire des touches révélées par les analyses

Composant du BT3 :

• Identification des cibles par des études de criblage du génome entier
• Production et vérification des cibles
• Analyse biochimique des interactions cible-composé, y compris la structure tridimensionnelle

Approche intégrée

Complémentarité de l'équipe canado-allemande

• Infrastructures spécialisées et expertise au Canada et en Allemagne (p. ex. laboratoire HTS de l'Université McMaster; banque de composés du Centre Helmholtz pour la recherche sur les maladies infectieuses)
• Nouvelles analyses cellulaires - Canada (résistance aux antibiotiques; réseaux cellulaires à l'échelle du génome pour l'identification des cibles); Allemagne (réseaux de transcription à l'échelle du génome; biocapteurs à fluorescence)
• Nouveaux composés chimiques - Canada (nouvelle collection d'extraits de Streptomyces); Allemagne (extraits et métabolites de myxobactéries; chimie combinatoire inspirée des produits naturels)
• (chimie médicinale [HZI], structure et mécanisme [Canada])

Contribution de cette équipe au réseau canado-allemand FIRE & ICE

• Synergie avec le projet Pseudomonas/fibrose kystique
• Synergie avec le projet de mise au point de vaccins et de modèles animaux
• Les cibles révélées par les tests de virulence peuvent être soumises à des analyses visant à déceler le potentiel vaccinal.
• Nouvelles analyses pour tester les antiviraux (grippe)
• Incluant les analyses des petites molécules ayant des effets adjuvants.

Contributions des autres équipes du réseau canado-allemand FIRE & ICE à cette équipe

• Nouvelles cibles provenant des projets sur Pseudomonas
• Modèles potentiels pour des études sur la prédisposition et les infections

Autres éléments/mécanismes/activités/institutions qui pourraient contribuer au projet

• Réseau de biologie chimique au Canada/Allemagne
• Réseau de la génomique structurale au Canada
• Réseau de pathogénomique en Allemagne/UE
• Réseau national allemand de recherche sur le génome (NGFN)
• Réseau allemand HEPATOSYS
• IRC Canada
• Infrastructure médicale novatrice de l'UE

Mise en oeuvre

Possibilités et défis pour soutenir les prochaines étapes et la mise en oeuvre à plus long terme

• Repérer les experts pour incorporer les mécanismes d'ADME-Tox.

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Génomique fonctionnelle et multirésistance aux médicaments de Pseudomonas aeruginosa

Membres de l'équipe de projet

• Du Canada
  Coordonnateur : Joe Lam
  Autres membres de l'équipe : Roger Levesque (Univ. Laval), Paul Roy (CHUL, Univ. Laval), Bob Hancock, (Univ. de la C.-B.), Fiona Brinkman (Univ. Simon Fraser), Keith Poole (Univ. Queen), Howard Ceri (Univ. de Calgary), Christine Bear/Felix Ratjen (HSC, Toronto), André Cantin (Univ. de Sherbrooke)

• De l'Allemagne
  Coordonnatrice : Susanne Häußler
  Autres membres de l'équipe : Burkhard Tummler (MHN), Dieter Jahn (TUB), Max Schobert (TUB), Lothar Jaensch (Centre Helmholtz pour la recherche sur les maladies infectieuses)

Objectifs

• Génomique fonctionnelle d'une souche multirésistante aux médicaments (PA7), d'une souche épidémique (LESB58) et de PA14 (souche la plus fréquente, 15 % de toutes les souches)
• Attention particulière accordée aux clones dominants dans la population
• Élaborer la base de données SYSTOMONAS pour un accès partout dans le monde - pour intégrer toutes les données provenant de PSEUDOCAP ainsi que de la protéomique, la métabolomique, l'interactomique, la transcriptomique et du phénotypage (in vitro, ex vivo, in vivo)

Description du projet

• Réalisation d'études de génomique fonctionnelle avec PA14 comme souche modèle, PA7 (souche multirésistante aux médicaments) et LESB58 (souche très contagieuse et multirésistante aux médicaments).
• Biologie intégrative - génomique (îlots), protéomique, métabolomique, interactomique, transcriptomique, phénotypes mutants (in vivo, ex vivo et in vitro), diversité naturelle (écologie microbienne) - données recueillies collectivement pour constituer la base de données SYSTOMONAS.
• Les connaissances acquises sur l'émergence de la multirésistance aux médicaments serviront à alimenter SYSTOMONAS afin d'étudier en premier lieu l'incidence de la croissance et du métabolisme sur la multirésistance aux médicaments par une approche axée sur la biologie des systèmes.
• Phénotype de résistance, phénotypes pour l'identification de cibles thérapeutiques (intégration au groupe ayant pour thème la virulence microbienne et la résistance aux antibiotiques)
• Diversité des grands îlots génomiques dans les populations de P. aeruginosa comme une cause de l'émergence de la multirésistance aux médicaments et du transfert horizontal

Blocs de tâches

• Puces Affymetrix de PA14; collaboration de plusieurs établissements en matière de recherche; une puce devrait représenter le génome central
• Une 2e puce pour représenter les îlots génomiques des principaux types de Pseudomonas aeruginosa
• Analyse du phénotype - BIOLOG et autres algorithmes (épreuves)
• Sélection in vivo de gènes associés à la virulence, avec ou sans pression des antibiotiques

Calendriers et jalons des blocs de tâches

Début du projet global : dans l'année qui vient
Calendrier prévu pour la fin du projet global : 3 ans

Jalons et calendriers pour les principaux composants des projets :

Composant A : Puces Affymetrix de PA14

1. Puce du génome central - 6 mois après le début du projet
2. Phénotypage métabolique - 18 mois après le début du projet, priorité accordée aux cadres de lecture ouverts inconnus

Composant B : Puces des îlots génomiques

1. Séquençage des îlots génomiques dans les principaux clones - clones des chromosomes bactériens artificiels (BAC), 18 mois
2. Puces - 1^re et 2e puces, 6 et 18 mois respectivement
3. Détermination de la diversité naturelle - 3 ans

Composant C : Gènes de résistance aux médicaments et cibles

1. Criblage in vitro - 1 an
2. Criblage in vivo - 1 an (200 animaux, manipulation de presque 10 000 mutants)
3. Épidémiologie - 3 ans

Composant D : Biologie des systèmes

1. Intégration de SYSTOMONAS (Allemagne) et de PSEUDOCAP (Canada) - approche en deux étapes dont la première commence presque immédiatement; amélioration après six mois et poursuite de l'intégration
2. Élargissement de SYSTOMONAS, concept d'intégration de toutes les données expérimentales

Approche intégrée

Complémentarité de l'équipe canado-allemande

1. Valeur ajoutée qui repose sur les forces de longue date et les objectifs des équipes de recherche sur la fibrose kystique et P. aeruginosa dans les deux pays
2. Valeur ajoutée à la génomique de Pseudomonas aeruginosa et à la biologie des systèmes
3. Intégration des bases de données actuelles et de l'infrastructure bioinformatique
4. Échange d'expertise complémentaire et de stagiaires
5. Identification des cibles antibactériennes associées à la résistance aux médicaments (intégration au groupe ayant pour thème la virulence microbienne et la résistance aux antibiotiques)
6. Le soutien pour étudier la réponse de l'hôte, les souris cftr -/-, et l'expertise relative à l'inflammation sont fournis par Christine Bear/Felix Ratjen et André Cantin.
7. Complémentarité pour la recherche de modificateurs génétiques de la réponse de l'hôte à P. aeruginosa avec une population entière de patients atteints de la fibrose kystique (HSC Toronto, J. Zielenski) et avec l'étude européenne intitulée European Cystic Fibrosis Twin and Sibling Study (MHH, KU Leuven)
8. Mise au point de nouveaux outils de génotypage et de pathotypage pour le diagnostic - potentiel commercial

Contribution de cette équipe au réseau canado-allemand FIRE & ICE

• Synergie avec le groupe ayant pour thème la virulence microbienne et la résistance aux antibiotiques, qui met à l'essai de nouveaux composés in vivo, au moyen de modèles animaux, et in vitro, à l'aide de modèles de biofilms

Contributions des autres équipes du réseau canado-allemand FIRE & ICE à cette équipe

• Nous pourrions tirer parti des tests mis au point par le groupe ayant pour thème la virulence microbienne et la résistance aux antibiotiques, notamment :
  • Tests cellulaires de résistance et de sensibilité aux antibiotiques
  • Études de transcription à l'échelle du génome
  • Bactéries vivantes entières en tant que biocapteurs
  • Analyse bioinformatique comparative de réseaux cellulaires
• Nous pourrions possiblement bénéficier de l'expertise du groupe qui s'occupe de la recherche sur la génétique de la souris.

Autres éléments/mécanismes/activités/institutions qui pourraient contribuer au projet

• Nous pouvons tirer parti de l'expérience du concept de travail et de l'entente de partage en matière de propriété intellectuelle établi par le Réseau canadien de recherche sur les bactérioses.
• Base de données nationale des patients canadiens atteints de fibrose kystique conçue par Mary Corey, de l'Hospital for Sick Children de Toronto
• Qualitaetssicherung Mukoviszidose (registre allemand des patients atteints de fibrose kystique)

Mise en oeuvre

Possibilités et défis pour soutenir les prochaines étapes et la mise en oeuvre à plus long terme

Sources de financement :

1. Projets de recherche concertée sur la santé du Conseil de recherches en sciences naturelles et en génie (CRSNG) - La date limite pour la présentation des Avis d'intention est le 1^er mai, et de la demande complète, le 1^er octobre pour financer les projets des chercheurs canadiens des différentes institutions; ~ 150 à 250 k$ par année pour une période maximale de trois ans. (Joe Lam préparera l'Avis d'intention à présenter.)
2. Fondation canadienne de la fibrose kystique - Soumission de la demande complète de subvention de fonctionnement d'ici le 1^er octobre, en vue de créer, au moyen de la technique de mutagenèse par étiquette signature, une banque de souches PA14, suivie d'une banque de souches PA7 et d'autres clones prédominants (provenant d'isolats cliniques de patients atteints de fibrose kystique); ~ 70 k$ pour le salaire d'un technicien et les fournitures. Roger Levesque sera le chercheur principal pour cette demande et Paul Roy, un codemandeur.
3. Fondation allemande de la fibrose kystique - Lettre d'intérêt d'ici le 10 avril, si approuvée en juin; demande complète au plus tard le 1^er octobre : analyse des îlots génomiques dans les clones dominants (séquence, bioinformatique, locus associés à la multirésistance aux médicaments), 100 000 euros pour un technicien durant un an et le séquençage des cadres de lecture ouverts des îlots. (À ce jour, une lettre d'intérêt a été soumise par B. Tümmler.)
4. Ontario - Programme de collaboration stratégique à l'échelle internationale (PCSI) : ~ 150 k$ durant une période maximale de trois ans. (Le financement total accordé par projet de recherche en collaboration ne dépasse habituellement pas 150 000 $ sur trois ans. En règle générale, le programme finance une seule fois jusqu'à 50 % des coûts admissibles. Le reste du financement proviendra de sources autres que le gouvernement de l'Ontario. Dans ce cas, les sommes accordées aux collaborateurs allemands pourrait peut-être être utilisées comme fonds de contrepartie.) Aucune date d'échéance n'a été fixée pour la soumission de la demande.
5. Fondation allemande de la recherche (MS, SH, BT) - Biologie des systèmes associés à la multirésistance aux médicaments et les phénotypes liés à la formation de biofilms : évolution intraclonale des clones dominants : 180 000 euros par année pour une période maximale de trois ans
6. Génome Canada - exige des fonds de contrepartie; Andy Potter a suggéré que quelqu'un communique avec Bob Brunham au sujet de la lettre d'intérêt intitulée « Maladies infectieuses émergentes » afin d'établir un partenariat avec son groupe.

• Mécanismes de demande pour un programme bilatéral et non pour des projets ayant des thèmes individuels

Annexe 5 : Rétroaction des participants concernant la réunion

Les participants ont évalué la réussite de la réunion comme suit :

Ratée		Plus ou moins réussie		Réussie
1	2	3		4	4,5	5
				(9)	(2)	(16)
N = 27; Moyenne = 4,6

Les participants ont indiqué que les éléments suivants étaient ceux qu'ils avaient le plus apprécié :

• Organisation et animation (n = 21), p. ex.
• excellent endroit, hôtes/équipe d'organisation/animation formidables
• occasion de se séparer en petits groupes et de se rassembler pour la discussion; modèles de discussion préparés à l'avance
• sujets bien définis, planification et organisation réussies et horaire respecté; maintenant, je sais ce qu'un animateur peut faire.

• Interactions avec les collègues (n = 17), p. ex.
• discussions ouvertes et excellente ambiance de non-compétitivité pour travailler en synergie
• possibilité de rencontrer de nouveaux collègues d'un grand nombre de domaines de recherche et de nouer des liens avec eux
• esprit de collégialité, enthousiasme et camaraderie parmi les participants

• Bons résultats (n = 12), p. ex. nous avons
• établi un solide réseau entre le Canada et l'Allemagne fondé sur la collaboration.
• repéré des possibilités de lutter contre les maladies infectieuses.
• établi des plans d'action concrets.

• Attention évidente accordée au choix des endroits, des événements, des repas, etc. (n = 3)

Les participants ont indiqué que les éléments suivants étaient ceux qu'ils avaient le moins apprécié :

• Contraintes de temps (n = 6), p. ex. temps insuffisant pour
• les pauses
• les séances de discussions en petits groupes (mais nous nous en sommes bien tirés)
  
• discuter en profondeur des projets de recherche

• Difficultés que nous avons eues à repérer des stratégies possibles de financement (n = 4)
  
  
• Services (n = 2), p. ex.
• pas suffisamment de café la première journée
• les sans fil ne fonctionnaient pas dans le forum

• Température (n = 2)
  
  
• Manque d'interaction entre les groupes

4. Autres commentaires :

• Pour la prochaine réunion :
• Inclure des représentants d'organismes de financement, des responsables des politiques et des collègues davantage orientés vers la clinique comme partenaires de discussion.
• Mélanger davantage les groupes pour favoriser la synergie des idées.

• Il semble que deux projets distincts - portant sur la grippe et les bactéries - ne se chevauchent que de façon tangentielle.

• Le programme commun ne devrait pas seulement porter sur la grippe et la fibrose kystique.

• Je ne m'attendais pas à une réunion aussi productive et axée sur les résultats. Bravo!

• Je recommande la présence d'un « animateur » pour nos réunions internes.

• Ce projet semble très positif; il a de fortes chances de réussir. Il faudra organiser d'autres rencontres de ce genre.