Contexte de l'ICM

Le corps humain abrite des billions de micro-organismes, notamment des bactéries, des virus et des protistes. Ces micro-organismes forment le « microbiome humain » qui vit à la surface et dans les profondeurs de nombreuses parties de notre corps. On estime que le nombre de cellules microbiennes dépasse celui des cellules hôtes par un facteur d'au moins 10 et que les premières codent environ 100 fois plus d'information génétique que le génome humain. On sait aujourd'hui que les micro-organismes jouent un rôle important dans la santé humaine : non seulement ils agissent à titre de pathogènes ou de communautés bénignes qui éloignent les pathogènes, mais ils ont aussi une incidence sur certains problèmes de santé chroniques comme les maladies gastro-intestinales, l'obésité, les maladies auto-immunes, le diabète, le cancer, l'arthrite, l'asthme et les maladies cardiovasculaires. Des chercheurs ont établi un lien entre les perturbations du microbiome normal et certaines modifications neurologiques et comportementales. Jusqu'à récemment, l'étude des microbiotes humains paraissait une tâche énorme non seulement en raison de la quantité impressionnante d'organismes qui colonisent le corps humain, mais aussi à cause des difficultés associées à l'étude de colonies de micro-organismes, dont l'importance des interactions entre les colonies et la difficulté d'étudier les micro-organismes dans leur environnement naturel. Cependant, avec l'arrivée de la métagénomique et d'une nouvelle génération de plateformes de séquençage, il est maintenant possible de séquencer, d'analyser et de décrire des communautés microbiennes complexes rapidement et efficacement. Ces méthodes à la fine pointe de la génomique, ainsi que les technologies bioinformatiques qui les accompagnent, ouvrent la voie à des études biologiques sur les relations complexes entre les micro-organismes et les humains.

Dans le cadre du Human Microbiome Project (HMP), les National Institutes of Health (NIH) des États-Unis, séquencent et analysent les génomes du microbiome humain dans certaines parties du corps afin de déterminer s'il existe un groupe de microbiotes de base commun à tous les humains. En utilisant cette base de données de référence, on espère être en mesure de prédire les capacités génétiques d'espèces inconnues en s'appuyant sur les similarités avec des gènes connus et d'évaluer le rôle de la microflore humaine en ce qui a trait à la santé et à la maladie. La majeure partie du travail de séquençage est entrepris dans le cadre du HMP, mais l'immense quantité de données requises nécessite une approche internationale coordonnée utilisant des techniques communes pour prélever les échantillons, extraire l'ADN et noter les données - d'où la création récente du Consortium international sur le microbiome humain (CIMH). Le Consortium coordonne les initiatives sur le microbiome entreprises dans le monde entier, notamment aux États-Unis, en Chine, au Japon, à Singapour, en Australie et au Canada.

Le Canada est bien placé pour profiter de ces initiatives continues en raison de ses forces en recherche dans les domaines de la gastroentérologie, de la neuroimmunologie, de la virologie et des maladies infectieuses et aussi grâce à sa façon de faire de la recherche - orientée sur la collaboration - et à son système de soins de santé financé par l'État. Au nom des IRSC, l'Institut des maladies infectieuses et immunitaires (IMII) a appuyé l'élaboration d'un cadre conceptuel pour la stratégie canadienne sur le microbiome et a amené les chercheurs canadiens à établir des stratégies et des priorités de recherche liées au HMP. En septembre 2007, l'IMII a lancé l'Initiative canadienne du microbiome (ICM) afin de s'aligner sur le HMP et d'aider les chercheurs canadiens à jouer un rôle déterminant dans le CIMH. En juin 2008, l'IMII et Génome Canada ont tenu conjointement un atelier sur l'Initiative canadienne du microbiome qui a regroupé les principaux chercheurs du Canada dans le domaine afin d'examiner et de mettre au point des stratégies et des priorités pour l'ICM et d'explorer des domaines de recherche dans lesquels le Canada peut apporter des contributions uniques en leur genre. L'IMII a déjà obtenu un financement important pour appuyer l'ICM et a établi de solides partenariats nationaux pour appuyer une importante présence canadienne en recherche sur le microbiome.

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