Profil de recherche - La carte de notre habitat interne

Un chercheur canadien étudie les populations microbiennes qui contribuent à notre santé

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Même si nous tendons à le voir comme une entité unique, notre corps abrite de nombreux autres organismes vivants. Nous sommes en fait des écosystèmes ambulants qui peuvent se transformer selon notre état de santé.

Avec ses collègues, le Dr Josh Neufeld, microbiologiste de l'environnement à l'Université de Waterloo, explore ces écosystèmes et tente de déterminer à quoi ressemblent les populations bactériennes de différentes parties du corps d'une personne en santé.

« Le corps humain est un type d'environnement comme un autre », explique le Dr Neufeld. « Il est important de comprendre comment les organismes qui vivent dans cet environnement agissent sur notre santé. »

Les chercheurs ont compris il y a longtemps l'importance du rôle joué par les bactéries dans le maintien – et parfois la dégradation – de la santé. Mais les méthodes existantes étaient peu utiles pour identifier les espèces présentes dans le corps humain ainsi que leur rôle dans la prévention ou le déclenchement des maladies.

« Pendant longtemps (probablement une centaine d'années), la microbiologie reposait exclusivement sur la capacité de cultiver des organismes, mais cela était foncièrement problématique et biaisé », explique le Dr Neufeld. « Seule une petite proportion des micro-organismes, comme ceux qui peuplent le corps humain, sont cultivables dans la plupart des cas. »

Grâce au développement explosif des techniques moléculaires, par exemple le séquençage génomique, les chercheurs comme le Dr Neufeld peuvent obtenir un portrait presque complet de la faune bactérienne qui habite différentes parties du système digestif dans le corps humain en santé. Le Dr Neufeld et son équipe travaillent à la mise au point et à l'application de nouvelles technologies qui permettront aux chercheurs de décrire les populations bactériennes présentes dans différentes régions du corps humain en se fondant sur les séquences d'ADN propres à chaque bactérie.

« Pour ce projet, nous avons décidé de recourir à une technique que nous avions mise au point et qui permet de dresser un profil très détaillé des populations – même les organismes rares sont échantillonnés grâce à cette technique », explique le Dr Neufeld.

Avec l'aide du financement des Instituts de recherche en santé du Canada, les chercheurs prélèvent des bactéries dans la bouche, l'estomac, le gros intestin, l'intestin grêle et les matières fécales. D'après le Dr Neufeld, le nombre de profils qui seront recueillis et de séquences qui seront produites sera sans précédent. Par cette étude, il espère démontrer que la technologie mise au point par son groupe offre une méthode de pointe pour dresser le profil des populations bactériennes du corps humain.

« Une fois que nous aurons démontré qu'il s'agit d'une méthode abordable d'étudier en détail les populations bactériennes, nous voulons décrire les populations qui sont caractéristiques d'un corps en santé », indique le Dr Neufeld. « La prochaine étape sera d'examiner comment ces populations se transforment dans divers états pathologiques. »

Les chercheurs ont déjà recensé certaines affections, comme les ulcères, la maladie de Crohn et l'obésité, pour lesquelles les populations bactériennes à certains endroits du corps changent de manière dramatique et distinctive. Cependant, on comprend mal les causes de ces changements et leur rôle dans le processus pathologique.

L'équipe du Dr Neufeld tente également d'identifier des espèces de bactéries moins communes dans le corps humain, dont certaines n'ont jamais été recensées par les chercheurs.

« Dans tous les environnements, y compris le corps humain, il existe des organismes qui sont adaptés à la vie en nombre relativement limité, même s'ils peuvent remplir une fonction importante dans la population bactérienne. Il est donc possible que ces organismes soient encore inconnus des chercheurs », explique le Dr Neufeld. « La diversité des micro-organismes qui peuplent notre corps a peut-être des avantages, en procurant une certaine stabilité aux populations. Ce sont quelques-unes des questions auxquelles nous espérons répondre », conclut le Dr Neufel.

« Le corps humain est un type d'environnement comme un autre. Il est important de comprendre comment les organismes qui vivent dans cet environnement agissent sur notre santé. »
-- Dr Josh Neufeld