Profil de recherche - Englober toute l'information
Dr Youssef Idaghdour
Un chercheur financé par les IRSC analyse des masses de données sur plus de 20 000 personnes en quête de biomarqueurs des maladies cardiovasculaires.
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Lorsqu'il s'agit d'étudier les origines de la maladie cardiovasculaire, le Dr Youssef Idaghdour n'est pas à la recherche de solutions simples
Le Dr Idaghdour, marocain d'origine et titulaire d'une bourse postdoctorale Banting des IRSC, et ses collègues du projet CARTaGENE se sont attaqués à la tâche colossale de recueillir et de stocker de vastes ensembles de données anonymes génétiques, démographiques et relatives au mode de vie pour une cohorte de plus de 20 000 Québécois choisis aléatoirement, afin que des chercheurs puissent les analyser en vue de comprendre pourquoi certaines maladies se développent chez certaines personnes, mais non chez d'autres.
À maints égards, ce projet est tout à fait l'opposé d'une expérience contrôlée où un chercheur étudie un organisme modèle, normalement une souris, qui présente un état particulier, souvent une mutation génétique.
En bref
Qui – Dr Youssef Idaghdour, boursier postdoctoral Banting au CHU Sainte-Justine de l'Université de Montréal.
Question – Bien que la maladie cardiovasculaire – qui englobe les cardiopathies et l'AVC – soit la principale cause de mortalité dans le monde, on connaît peu les sources génétiques de ses facteurs de risque et leur interaction avec l'environnement.
Approche – Ayant accès aux vastes banques de tissus biologiques et de données de CARTaGENE, le Dr Idaghdour utilise des techniques et des technologies génomiques pour mettre en évidence des changements dans le transcriptome (l'ensemble des molécules d'ARN produites dans une seule cellule ou une population de cellules) pour comprendre les facteurs génétiques et environnementaux qui expliquent la vulnérabilité à la maladie cardiovasculaire.
Impact – La mise en évidence de biomarqueurs génomiques et environnementaux de la maladie cardiovasculaire aidera à sa prévention, à son diagnostic et à son traitement.
« De cette façon, si un effet est observé, il est attribuable au gène, explique le Dr Idaghdour, chercheur au CHU Sainte-Justine de l'Université de Montréal. Ce que nous faisons, c'est que nous saisissons toute l'information en même temps et que nous essayons de l'utiliser pour mieux comprendre la maladie. »
« Toute l'information » inclut la biobanque d'ADN, d'ARN (la molécule qui entre en jeu dans la transformation des gènes en produits protéiques), et d'échantillons de sang et d'urine de CARTaGENE, ainsi que sa banque de données environnementales, démographiques et médicales. Pour protéger la confidentialité, les données sont exemptes de tout nom ou autre élément d'identification.
« L'idée du projet CARTaGENE est de saisir les deux types d'information, non seulement l'information génétique, mais aussi une foule de données sur des facteurs comme le mode de vie et la nutrition, précise le Dr Idaghdour. Mon travail combine les deux [les facteurs génétiques et environnementaux] pour l'étude de certaines des maladies les plus complexes, comme les maladies cardiovasculaires. »
Sur tous les participants, plus de 20 000 en tout, le Dr Idaghdour a sélectionné environ 800 échantillons d'individus qui présentent des phénotypes extrêmes (des caractéristiques observables créées par l'interaction des gènes et de l'environnement) pour la maladie cardiovasculaire.
« Nous établirons probablement la séquence de tout le génome de certains de ces individus, mais pour l'instant, nous génotypons 2,5 millions de positions d'ADN pour chaque sujet [c'est-à-dire que nous en déterminons la composition génétique]. Nous passerons ensuite au profil de l'ARN. L'idée est de combiner l'information relative à l'ADN obtenue par génotypage et l'information relative à l'ARN sur l'expression des gènes (activité des gènes), puis d'ajouter toute l'information que nous possédons à propos du mode de vie et de l'environnement. À la fin, nous voulons trouver les gènes qui peuvent vraiment servir de biomarqueurs du début de la maladie cardiovasculaire et ceux qui causent la maladie. »
Comme le projet CARTaGENE, qui est dirigé par le Dr Philip Awadalla, de l'Université de Montréal, suit la cohorte pendant un certain nombre d'années, il est aussi possible de remonter à l'origine même de la maladie.
« Imaginons que nous avions 100 sujets en santé au moment où ils ont donné des échantillons en 2010. Si nous prélevons de nouveaux échantillons chez eux en 2015, nous pourrons découvrir des changements. Leur plan d'ADN sera le même, mais leur ARN, l'expression des gènes, sera différent. Nous pourrions donc être en mesure de voir si des signatures de l'expression des gènes auraient annoncé l'apparition de la maladie avant le fait. »
Le but, selon le Dr Idaghdour, est d'apprendre comment la maladie cardiovasculaire s'installe et d'utiliser cette information pour empêcher qu'elle ne s'installe chez d'autres personnes. Nous voulons également traiter plus efficacement la maladie lorsqu'elle se déclare.
« Les gens savent qu'en changeant leur mode de vie, ils peuvent influer sur leurs risques de tomber malades, mais cela ne tient pas compte de la prédisposition, qui est purement génétique. Si des personnes savent qu'elles sont prédisposées - elles peuvent le savoir grâce à de l'information génétique - elles peuvent alors agir avant qu'il ne soit trop tard. »
« La maladie est le produit des gènes et de leur environnement. Je cherche des moyens d'intégrer l'information génétique et environnementale, et l'interaction entre les deux, pour étudier la maladie. »
- Dr Youssef Idaghdour, CHU Sainte-Justine