La résistance aux antibiotiques

Contexte

Avant la découverte de la pénicilline en 1941, il n'existait aucun traitement pour la pneumonie et la gonorrhée. Les décès causés par une infection à la suite d'un accouchement ou d'un traumatisme étaient courants. Dans les pays industrialisés, par contre, la plupart des gens ont aujourd'hui un tout autre rapport avec les infections : celles-ci peuvent être guéries facilement à l'aide d'un bref traitement aux antibiotiques. Malheureusement, la manière dont nous utilisons ces composés puissants menace les progrès accomplis. En effet, les bactéries s'adaptent et réagissent extrêmement bien au changement et peuvent se transformer (muter) rapidement pour surmonter les menaces extérieures à leur survie. L'utilisation généralisée des antibiotiques en médecine et en agriculture a entraîné l'apparition de bactéries antibiorésistantes. Puisque la résistance peut se transmettre rapidement d'une bactérie à l'autre, il existe maintenant des « superbactéries » qui résistent à de nombreux antibiotiques connus, voire à tous. L'étendue et l'échelle de cette résistance, dans la plupart des classes d'agents antimicrobiens, sont alarmantes. La situation est particulièrement grave dans les installations de soins de santé, où les infections antibiorésistantes peuvent entraîner :

  • l'augmentation des temps d'attente en raison du prolongement des séjours à l'hôpital, ainsi que la fermeture d'établissements et de services d'hôpitaux pour isoler des patients infectés;
  • l'augmentation des coûts pour le système de santé, en raison du prolongement des séjours à l'hôpital, de la multiplication des tests diagnostiques et de l'augmentation des coûts de traitement;
  • l'augmentation de la morbidité (maladies) et de la mortalité (décès) chez les Canadiens infectés par des organismes antibiorésistants, surtout parmi les populations à risque comme les très jeunes enfants, les personnes très âgées, les personnes immunodéprimées et les malades chroniques.

Les antibiotiques représentent la plus grande réussite thérapeutique de l'histoire et permettent encore aujourd'hui de sauver des millions de vies, mais la plupart des antibiotiques fabriqués par l'industrie pharmaceutique au cours des 40 dernières années, à l'exception des oxazolidinones, sont issus de modifications mineures à des composés contre lesquels les bactéries ont déjà développé une résistance. Par conséquent, les bactéries se sont rapidement adaptées pour déjouer ces nouveaux médicaments.

On estime actuellement qu'un patient sur neuf admis à l'hôpital chaque année, soit 250 000 Canadiens, contracte une infection nosocomiale, et 8 000 en meurent. C'est plus que le nombre de décès causés par des accidents de la route, le sida et le cancer du sein réunis. Bon nombre de ces infections sont causées par des bactéries antibiorésistantes, et, qui plus est, des infections surviennent dans d'autres milieux de soins, comme les établissements résidentiels et les centres de soins de longue durée, et de plus en plus, dans la collectivité en général.

Initiative sur les nouvelles solutions de rechange aux antibiotiques

La résistance aux antibiotiques est une priorité de recherche pour l'Institut des maladies infectieuses et immunitaires (IMII) des IRSC depuis sa fondation, et une panoplie d'initiatives de recherche stratégique ont été lancées pour aborder ce problème de santé mondiale, comme l'Initiative sur la salubrité des aliments et de l'eau, ainsi que la récente initiative Nouvelles solutions de rechange aux antibiotiques. La possibilité de financement du même nom a été conçue pour accroître le financement offert dans le cadre des concours ouverts des IRSC, en encourageant les demandes portant sur des approches novatrices de la résistance aux antibiotiques, notamment la recherche sur la thérapie par bactériophages ou les probiotiques, où le Canada possédait des capacités de recherche limitées, si ce n'est aucune. Cette possibilité de financement, lancée en collaboration avec 26 partenaires privés et publics, a permis de financer sept subventions de démarrage, deux bourses de recherche, une bourse de démonstration des principes, deux subventions pour projets de recherche concertée sur la santé et huit subventions d'équipe émergente, pour un investissement total de plus de 13 millions de dollars. Plusieurs des projets financés portaient sur le domaine jusque-là sous-représenté des bactériophages.

Partenariat Canada—Royaume-Uni

À la suite de l'initiative Nouvelles solutions de rechange aux antibiotiques, un partenariat a été créé avec le Royaume-Uni. En juillet 2007, le Haut-commissariat du Canada à Londres a tenu une série de rencontres réunissant l'IMII, le Wellcome Trust et le Medical Research Council (MRC) du Royaume-Uni, dans le but d'explorer les possibilités de partenariats internationaux. Il en est résulté un atelier conjoint Canada—Royaume-Uni, organisé par le MRC, l'IMII et le Haut-commissariat du Canada, qui a eu lieu à Londres, les 6 et 7 février 2008. Plus de 40 participants ont été invités, dont à peu près la moitié provenait du Royaume-Uni, et l'autre, du Canada. L'objectif de cet atelier était de réunir des chercheurs ayant des perspectives différentes sur le problème de la résistance aux antibiotiques, afin de se pencher sur des sujets comme la modulation immunitaire, les déterminants moléculaires de la résistance, les aspects cliniques et les approches axées sur la biologie des systèmes. On souhaitait également déterminer s'il serait profitable de faciliter la création et le soutien de partenariats entre chercheurs canadiens et chercheurs britanniques dont l'expertise respective est complémentaire, et si ces collaborations permettraient d'améliorer les mécanismes de résolution du problème de la résistance aux antibiotiques. Le rapport complet de l'atelier.

Subvention Catalyseur Canada—Royaume-Uni

L'enthousiasme suscité chez les participants de l'atelier s'est traduit par le lancement conjoint d'une possibilité de financement. En effet, en décembre 2008, l'IMII et le MRC ont lancé une subvention Catalyseur d'une durée d'un an. Ce faisant, les partenaires souhaitaient favoriser la collaboration entre le Royaume-Uni et le Canada dans le domaine de la recherche fondamentale et translationnelle sur la résistance aux antibiotiques, ainsi qu'offrir les fonds nécessaires à l'élaboration d'une stratégie en vue d'éventuelles possibilités de financement de consortiums plus étendus. Les deux projets suivants ont été financés dans le cadre de ce concours.

Subventions de développement accordées dans le cadre du Programme conjoint de recherche en santé Canada—R.-U. sur l'antibiorésistance
Chercheur principal pour le Canada Chercheur principal pour le Royaume-Uni Titre du projet
CLARKE, Anthony
Université de Guelph
DOWSON, Christopher
Université de Warwick, R.-U.
Bilateral bacterial cell wall
biosynthesis network
WRIGHT, Gerard
Université McMaster
PIDDOCK, Laura
Université de Birmingham, R.-U.
Antibiotic Resistance Research Pipeline

Possibilité de financement de consortiums Canada—Royaume-Uni

Pour faire suite aux résultats favorables du Programme de subventions Catalyseur, l'IMII et le MRC ont lancé, en septembre 2010, l'appel de demandes Subvention d'équipe : Partenariat Canada—Royaume-Uni sur l'antibiorésistance. Cette initiative permettra de combiner les atouts en recherche des deux pays pour offrir un véritable effort de collaboration apportant une valeur ajoutée qui fera avancer notre approche de la résistance aux antibiotiques dans le continuum translationnel, de la recherche biomédicale à la pratique clinique. Ce partenariat a donné lieu au financement de deux consortiums/équipes d'envergure au moyen d'un investissement combiné de 4 M$ et de 2 M£ sur quatre ans.

Équipe Canada—R-U sur les nouvelles cibles antibiotiques dans la biogenèse de la paroi cellulaire :

  • A.J. Clarke
    Université de Guelph
  • N. Strynadka
    Université de la Colombie-Britannique
  • E. Brown
    Université McMaster
  • L. Burrows
    Université McMaster
  • R.C. Levesque
    Université Laval
  • G.S. Besra
    Université de Birmingham
  • C. Dowson
    Université de Warwick
  • D.I. Roper
    Université de Warwick
  • A.J. Lloyd
    Université de Warwick
  • T.D.H. Bugg
    Université de Warwick
  • S.J. Foster
    Université de Sheffield
  • W. Vollmer
    Université de Newcastle

Équipe Canada—R-U sur la résistance bactérienne aux bêtalactamines :

  • G. Dmitrienko
    Université de Waterloo
  • W. Lubell
    Université de Montréal
  • J. Pitout
    Université de Calgary
  • N. Strynadka
    Université de la Colombie-Britannique
  • D. Pillai
    Université de Toronto
  • S. Siemann
    Université Laurentienne
  • T. Walsh
    Université de Cardiff
  • J. Spencer
    Université de Bristol
  • C. Schofield
    Université d'Oxford
  • C. Fishwick
    Université de Leeds
  • D. Low
    Hôpital Mount Sinai
  • J. Lui
    Université de Waterloo

Le Dr Gary Dmitrienko de l'Université de Waterloo travaille avec le professeur Tim Walsh de l'Université de Cardiff (R.-U.) à étudier les infections bactériennes à gram négatif qui sont difficiles à traiter, comme l'infection à E. coli NDM-1, qui causent certaines infections nosocomiales. L'équipe étudie les bactéries à gram négatif résistantes aux carbapénèmes, la classe d'antibiotiques la plus puissante de la famille des bêtalactamines, dans l'espoir de trouver un nouveau traitement pour ces infections. L'équipe concevra, fabriquera et mettra à l'essai des molécules capables de bloquer les mécanismes de résistance aux carbapénèmes comme ceux de NDM-1, permettant ainsi aux carbapénèmes de tuer les bactéries à gram négatif qui lui sont résistantes. Elle surveillera également la prolifération des bactéries résistantes aux carbapénèmes, surtout dans les hôpitaux, afin d'aider à identifier les sous-types les plus importants à cibler.

Par ailleurs, le Dr Anthony Clarke de l'Université de Guelph étudie, avec le professeur Chris Dowson de l'Université de Warwick (R.-U.), les parois cellulaires bactériennes à la recherche de nouvelles cibles antimicrobiennes contre lesquelles de nouveaux médicaments pourraient être mis au point. L'équipe se concentre sur le peptidoglycane, important polymère qui maintient l'union de la paroi cellulaire bactérienne, afin de mettre au point de nouvelles cibles et de petites sondes moléculaires qui puissent inhiber la production de peptidoglycane et aider à tuer les bactéries. L'équipe propose de renforcer la capacité de recherche dans les deux pays en faisant appel à l'expertise technique du personnel à l'installation de synthèse de PG, située à l'Université de Warwick, ainsi qu'à l'installation de criblage à haut débit située à l'Université McMaster.

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