Décisions de financement de l'ICM

Chercheur ayant reçu une subventions d'équipe émergente: l'Initiative canadienne du microbiome (ICM)

1. Titre du projet : Incidences du génome de l'hôte sur le microbiome intestinal humain : études d'une cohorte de sujets en santé porteurs d'allèles à risque de la maladie de Crohn

Chercheurs principaux :

  • Kenneth Croitoru, Hôpital Mount Sinai, Toronto
  • Mark S. Silverberg, Hôpital Mount Sinai, Toronto

Cochercheurs :

  • Dennis Cvitkovitch, Université de Toronto
  • Gabriel Moreno Hagelsieb, Université Wilfrid-Laurier, Waterloo
  • Andrew Paterson, Hôpital pour enfants de Toronto
  • Wei Xu

L'affection intestinale inflammatoire (AII) cause de l'inflammation et des ulcères dans l'intestin et le côlon et touche plus de 200 000 Canadiens. Le Dr Croitoru et son équipe mènent une étude prospective sur des personnes en santé, mais présentant un risque génétique élevé de développer la maladie de Crohn. L'étude, appelée « Projet GEM », permettra de détecter des changements dans les bactéries de l'intestin et dans la réponse immunitaire de l'hôte chez des personnes ayant eu une AII avant de développer la maladie. En évaluant ces personnes, le Dr Croitoru et son équipe peuvent étudier dans quelle mesure des gènes particuliers influent sur la constitution de toute la population de bactéries intestinales chez les personnes en santé.

2. Titre du projet : Modélisation et cartographie de la diversité microbienne et fonction avec gènes marqueurs, génomes et métagénomes

Chercheurs principaux :

  • W. Ford Doolittle, Université Dalhousie (Nouvelle-Écosse)
  • Robert G. Beiko, Université Dalhousie (Nouvelle-Écosse)
  • Joseph Bielawski, Université Dalhousie (Nouvelle-Écosse)
  • Marc Ereshefsky, Université de Calgary (Alberta)

Cochercheurs :

  • Olga A. Zhaxybayeva, Collège Darmouth, Hanover, New Hampshire, É.-U.

L'équipe du Dr Doolittle entreprendra de caractériser les bactéries sur et dans le corps humain, et d'évaluer leur rôle dans la santé et la maladie. Les résultats obtenus nous aideront à favoriser la présence des bons microbes au détriment des mauvais. La réalisation de cet objectif nécessite de meilleures méthodes pour identifier les types de microbes et prévoir leurs activités. L'équipe de recherche développera un logiciel permettant de caractériser la diversité des communautés microbiennes chez l'humain et de prédire leur impact. Ce logiciel devrait être d'une grande utilité à tous les scientifiques étudiant le microbiome, et ce, dans l'immédiat.

3. Titre du projet : Incidence du microbiote sur le développement immunitaire et les maladies

Chercheurs principaux :

  • Barton B. Finlay, Université de la Colombie-Britannique, Vancouver
  • Kelly McNagny, Université de la Colombie-Britannique, Vancouver
  • William W. Mohn, Université de la Colombie-Britannique, Vancouver

Cochercheurs :

  • Tobias Kollmann, Université de la Colombie-Britannique, Vancouver
  • Richard Moore, BC Cancer Agency
  • Kieran O'Doherty, Université de la Colombie-Britannique, Vancouver
  • Stuart E. Turvey, Institut de recherche sur l'enfant et la famille

L'asthme allergique est un problème de plus en plus présent dans les pays développés et touche jusqu'à 20 % de la population canadienne. De récentes données laissent entendre que des changements dans le microbiote normal pourraient jouer un rôle important dans le développement de l'asthme (ce que l'on appelle « l'hypothèse hygiénique »). Cependant, le rôle du microbiote gastro-intestinal dans l'asthme n'a jamais été exploré expérimentalement, et aucune tentative n'a été amorcée pour identifier les populations microbiennes associées à l'asthme. Le Dr Brett Finlay et son équipe proposent d'explorer l'effet de différents antibiotiques sur le microbiote et le développement immunitaire. Cette étude permettra d'acquérir des renseignements clés sur le rôle du microbiote intestinal dans le développement immunitaire et les atopies, et pourrait mener à de nouvelles méthodes pour traiter l'asthme.

4. Titre du projet : Évaluer la portée et l'étendue des infections polymicrobiennes des voies respiratoires associées à la fibrose kystique

Chercheurs principaux :

  • David Guttman, Université de Toronto
  • Leah E. Cowen, Université de Toronto
  • Alan R. Davidson, Université de Toronto
  • David M. Hwang, Réseau universitaire de santé, Toronto
  • Kieran C. O'Doherty, Université de Guelph
  • John Parkinson, Hôpital pour enfants de Toronto
  • Diana E. Tullis, Hôpital St. Michael's, Toronto
  • Valerie J. Waters, Hôpital pour enfants de Toronto
  • Yvonne C. Yau, Université de Toronto

Cochercheurs :

  • Heather Maughan

La fibrose kystique est la maladie génétique mortelle la plus répandue chez les personnes d'origine européenne, la mortalité étant due à des problèmes respiratoires associés à des épisodes répétés d'infection bactérienne des voies aériennes. Le Dr Guttman et son équipe utiliseront des technologies génomiques de pointe afin de caractériser la composition et la dynamique des communautés microbiennes présentes dans les poumons de personnes atteintes de fibrose kystique en cours de progression de la maladie et de mise en place du traitement antibiotique. L'objectif à long terme de l'étude consiste à établir des lignes directrices pour aider les cliniciens à concevoir et à choisir des traitements adaptés à chaque patient, en fonction de son état clinique et de la nature particulière de la communauté infectieuse.

5. Titre du projet : Synergie dans la recherche sur le microbiote (SyMBIOTA)

Chercheurs principaux :

  • Anita L. Kozyrsky, Université de l'Alberta
  • Allan B. Becker, Université du Manitoba
  • David Guttman, Université de Toronto
  • Kent T. Hayglass, Université du Manitoba
  • Piush Mandhane, Étude CHILD
  • James A. Scott, Université de Toronto

Cochercheurs :

  • Dean A. Befus, Université de l'Alberta
  • Radha Chari, Université de l'Alberta
  • Catherine J. Field, Catherine J. Field
  • Terry P. Klassen, Institut de la santé des enfants du Manitoba
  • Stuart E. Turvey, Institut de recherche sur l'enfant et la famille

La Dre Kozyrskyj et l'équipe de recherche SyMBIOTA étudieront l'impact de l'administration d'antibiotiques aux nouveau-nés sur la composition de leur microbiote intestinal. L'équipe tente de découvrir si la modification du microbiote du nourrisson est reliée au développement d'allergies et de l'asthme chez les enfants. Cette recherche portera sur 2 500 nourrissons participant à l'étude CHILD (Canadian Healthy Infant Longitudinal Development) et visera à vérifier le lien entre l'utilisation d'antibiotiques, la modification du microbiote intestinal du nourrisson et le développement d'atopies. Les objectifs de l'étude seront réalisés par le couplage de données détaillées sur l'administration d'antibiotiques aux nourrissons, en se fondant sur le contenu de bases de données provinciales sur les ordonnances, avec des données cliniques et des profils bactériens de leurs échantillons fécaux.

6. Titre du projet : Équipe de projet sur le microbiome vaginal

Chercheurs principaux :

  • Deborah M. Money, Université de la Colombie-Britannique
  • Alan D. Bocking, Université de Toronto
  • Sean M. Hemmingsen, Conseil national de recherches du Canada
  • Janet E. Hill, Conseil national de recherches du Canada
  • Gregor Reid, Université Western

Cochercheurs :

  • Timothy Dumonceaux, Agriculture et Agroalimentaire Canada
  • Gregory B. Gloor, Université Western
  • Matthew G. Links, Agriculture et Agroalimentaire Canada
  • Kieran O'Doherty, Université de Guelph
  • Patrick K. Tang, Centre de contrôle des maladies de la Colombie-Britannique
  • Julianne E. Van Schalkwyk, Université de la Colombie-Britannique
  • Mark H. Yudin, Hôpital St. Michael's, Toronto

Des perturbations dans la communauté microbienne vaginale peuvent accroître le risque de contracter le VIH, et d'autres infections sexuellement transmissibles, ou entraîner la pelvipéritonite, l'infertilité, des fausses couches en début de grossesse, ainsi que des infections localisées qui réduisent grandement la qualité de vie. Pour comprendre les micro-organismes vaginaux et leurs effets sur la santé des femmes et les maladies qui les touchent, la Dre Deborah Money et son équipe entendent examiner et identifier les micro-organismes présents dans l'appareil génital de la femme. Les données recueillies aideront à identifier et à caractériser les microorganismes liés à la santé des femmes et pourraient mener à la mise au point de nouveaux traitements.

7. Titre du projet : Dynamique du microbiome des voies respiratoires et interaction de la bactérie commensale avec des pathogènes résidents

Chercheurs principaux :

  • Michael Surette, Université McMaster, Hamilton
  • Dawn Bowdish, Université McMaster, Hamilton
  • Anthony Schryvers, Université de Calgary
  • Jim Kellner, Université de Calgary
  • Jennie Johnstone, Université McMaster

Les bactéries qui vivent sur ou dans le corps humain sont généralement bénéfiques (commensales) et essentielles à la santé. Cependant, même chez un sujet sain, ces bactéries commensales recèlent des pathogènes qu'elles tiennent habituellement en échec. Le Dr Mike Surette et son équipe étudieront le microbiote commensal dans les voies respiratoires et tenteront de découvrir comment les micro-organismes qui le composent inhibent ou activent les agents pathogènes à l'origine de la maladie. La compréhension de ces interactions pourrait conduire à de nouvelles méthodes pour combattre les infections respiratoires.

Chercheurs ayant reçu une subvention catalyseur de l'IMII des IRSC pour la recherche sur le microbiome humain

Chercheur Principal Établissement Titre du projet
Allen-Vercoe, Emma Université de Guelph Investigating the potential effects of host-derived stress hormones on the human gut microflora
La Dre Allen-Vercoe étudie les effets que les hormones du stress sécrétées par l'hôte ont sur le microbiote de l'intestin humain afin de montrer que ces hormones de stress ont un effet direct sur l'équilibre de la population de la microflore intestinale.
Finlay, Barton Université de la Colombie-Britannique The Role of the Gastrointestinal Microbiota in Asthma
Le Dr Finlay tente de déterminer si des modifications dans le microbiote gastrointestinal résident joue un rôle dans l'apparition de maladies atopiques comme l'asthme (c'est-à-dire vérification de « l'hypothèse de l'hygiène »).
Holt, Rob Centre de recherche sur le cancer de la Colombie-Britannique Linking Infectious Agents to Cancer: A Metagenomics Approach
Le Dr Holt analyse des échantillons d'ARN prélevés aux premiers stades de développement d'une tumeur afin de déterminer s'il est possible de détecter un agent infectieux dans ces néoplasmes. Pour ce faire, il utilise une méthode de séquençage appelée Whole Transcriptome Shotgun Sequencing.
Hwang, David Réseau universitaire de santé Assessing the impact of polymicrobial pulmonary infections in cystic fibrosis via metagenomics
Le Dr Hwang tente de montrer que les poumons des patients atteints de fibrose kystique abritent des douzaines d'espèces de bactéries, et que la composition de ces communautés de bactéries dans le poumon a une incidence sur la gravité de la maladie et l'efficacité de différents traitements.
Kozyrskyj, Anita Université de l'Alberta The impact of antibiotics on intestinal microbiota of infants
La Dre Kozyrskyj évalue l'effet de l'utilisation d'antibiotiques durant l'enfance sur la composition du microbiote intestinal afin de déterminer si cela peut être associé à l'apparition d'une maladie atopique chez les enfants.
Manges, Amee Université McGill Microbial metagenomics of the intestinal microbiota and the etiology of Clostridium difficile-associated disease in hospitalized patients
La Dre Manges étudie l'étiologie de maladies associées au C. difficile afin de vérifier et de comparer trois modèles différents de pathogenèse.
Money, Deborah Université de la Colombie-Britannique Metagenomic characterization of the human vaginal microbiome
La Dre Money tente de déterminer si les femmes en âge de procréer et en santé ont en commun un microbiome vaginal de base, dont les variations peuvent être clairement définies et mises en relation avec la santé et la maladie.
Neufeld, Josh Université de Waterloo Establishing a complete taxonomic baseline for the human microbiome
Le Dr Neufled établit le profil détaillé de la diversité phylogénétique de l'intestin humain et du microbiome oral en étant l'un des premiers à utiliser une nouvelle technique de séquençage à haut rendement et en mettant au point de nouveaux outils bioinformatiques pour les analyses de données subséquentes.
O'Doherty, Kieran Université de la Colombie-Britannique Developing Ethical and Regulatory Guidelines for Research on the Human Microbiome and its Applications: Speaking to the Experts and Stakeholders
Le Dr O'Doherty entreprend de colliger les points de vue et positions de la recherche sur le microbiome humain et de faire une analyse critique de ces points de vue et positions afin de comprendre comment l'initiative sur le microbiome humain façonnera la façon dont le public percevra la santé et l'organisme humain.
Rioux, Kevin Université de Calgary Characterizing the fecal microbiome and bacteria-derived volatile organic compounds in patients with non-alcoholic fatty liver disease (NAFLD)
Le Dr Rioux étudie les liens, jusqu'ici inexplorés, entre les changements de composition et de fonction du microbiote intestinal et la pathogenèse de la stéatose hépatique non alcoolique (non-alcoholic fatty liver disease), afin de découvrir de nouvelles cibles thérapeutiques pour prévenir et traiter la maladie.
Stintzi, Alain Université d'Ottawa Role of the gut microbiome in Pediatric Gastrointestinal Illnesses
Le Dr Stintzi effectue une analyse complète du microbiome dans le système digestif des enfants souffrant d'une maladie inflammatoire chronique de l'intestin afin de vérifier l'hypothèse selon laquelle la composition du microbiote de l'intestin est uniquement associée à la maladie de Crohn et/ou à la colite ulcéreuse.
Surette, Michael Université de Calgary Elusive respiratory pathogens in the oropharyngeal flora
Le Dr Surette étudie les pathogènes « élusifs » de la cavité buccale et des voies respiratoires supérieures, qui sont difficiles à identifier et qui échappent à la détection par les méthodes habituelles en microbiologie clinique.
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